2023-01-27
org.kosen.entty.User@36508863
익명
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안녕하세요. 논문을 읽다가 궁금한점이 생겨 문의드립니다.
(A) The comparison of the binding poses of RBN-2397 at the active pocket
of PARP1 and PARP7 (green: PARP1, PDB code: 5DS3; white: PARP7, PDB code:
6V3W)
이라고 기재가 되어있고, 이 그림을 통해서 바인딩 포즈를 비교하여 오른쪽 구조의 ethoxy ethane 링커와 piperazine moiety의 형태를 변경하여 PARP1의 바인딩 사이트에 맞을수 있음을 반견하였다고 하는데 제가 단백질 구조분석 분야를 몰라서 잘 이해가 되지 않습니다.
그림에 대해 설명 부탁드립니다.ㅜㅜ
- PARP
- 단백질
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답변 1
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양현모님의 답변
2023-01-27- 1
해당 구조를 보면 그림과 같이 보입니다. 여기서 olaparib (PARP1)의 구조가 주황색이고 RBN-2397(PARP7)이 문헌대로 녹색입니다.
여기서 단순히 RBN-2397이 기준인 Olaparib 의 가운데 부분 (통상 링커)를 변화 시켜 Binding site 에 맞추었다는 이야기로 보입니다.
둘간의 overlay를 수행한 경우, 링커 부분이 겹치게 되며 이를 채용해서 새로운 리간드를 디자인 할 수 있으며, 해당 의미로 이해가 됩니다.
