The Silicon Trypanosome: A Test Case of Iterative Model Extension in Systems Biology
2014-09-29
org.kosen.entty.User@68e2a9f3
김동현(shark118)
행사&학회소개
1. Introduction
2. Uncertainty in the Glycolysis Model
2.1 Parameter uncertainty in the glycolysis model
2.2 Topological uncertainty in the glycolysis model
3. Metabolic Extensions of the Model
3.1 The pentose phosphate pathway
3.2 The trypanothione pathway
4. Transcription/Translation Extensions of the Model
4.1 The pre-mRNA-processing rates
4.2 mRNA decay rates
5. Experimental Data to Reduce Model Uncertainty and Refine Predictions
5.1 Measurements of concentrations and fluxes
5.2 Perturbations: RNAi cell lines
6. Conclusion
2. Uncertainty in the Glycolysis Model
2.1 Parameter uncertainty in the glycolysis model
2.2 Topological uncertainty in the glycolysis model
3. Metabolic Extensions of the Model
3.1 The pentose phosphate pathway
3.2 The trypanothione pathway
4. Transcription/Translation Extensions of the Model
4.1 The pre-mRNA-processing rates
4.2 mRNA decay rates
5. Experimental Data to Reduce Model Uncertainty and Refine Predictions
5.1 Measurements of concentrations and fluxes
5.2 Perturbations: RNAi cell lines
6. Conclusion
보고서작성신청
아프리카 수면병은 아프리카에서 인간과 가축에 큰 영향을 주는 기생충병이다. 현재 사용되고 있는 약물들은 부작용이 너무 크고, 현재 약물 저항성 종들의 출현으로 새로운 약물 개발이 시급한 실정이다. 현재 실제 실험실에서 이루어지는 연구들과 컴퓨터 모델링이 융합된 시스템 생물학이 이러한 약물을 개발하기 위하여 사용되고 있다. 본 리뷰논문에서는 지금까지 개발되어진 해당과정 (glycolysis)의 모델링을 통한 여러 대사작용의 예측에 대한 내용을 다루었으며, 해당 대사 경로에 추가하여 여러 중요 대사과정들의 모델링을 위한 다양한 도구들과 기술들에 대하여 언급하였다. 현재 시스템 생물학은 '오믹스' 연구의 발전에 힘입어 모든 오믹스 데이터들의 효과적인 통합 및 분석을 위하여 널리 개발되어지고 있다. 현재 우리나라에서는 연구가 활발이 이루어지지 않고 있는 분야중의 하나이므로 많은 연구자들에게 좋은 정보를 제공할 수 있을 것이라 생각한다.