2004-11-04
org.kosen.entty.User@53244e37
이원우(lsw232)
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매번 kosen의 지식인 여러분들께 도움을 받고 있는 학생입니다.
항상 좋은 자료 올려주셔서 감사하다는 말씀을 일단 올리고,
오늘은 다름이 아니오라.
제가 Embryo를 Oocyte와 Polar body로 분리를 하였습니다.
이 각각의 sample을 PCR을 할수 있는 방법을 알고 싶습니다.
일단은 Oocyte와 Polar body를 하나의 DNA template로 보고 PCR을 하면 되는 것으로 알고잇는데,
PCR을 하실때의 조건을 알고 싶습니다. 첫번째로 실험을 해봤는데.. band가 없었습니다.ㅜㅜ
온도나 total volum, 그외 solution은 얼마나 쓰셨는지... 알고 싶습니다.
많은 관심 부탁드립니다.
날씨 추운데 KOSEN 지식인 여러분들 건강조심하시고.. 이만 줄이겠습니다.
P.S 꼭!! 알려주세요
- embryo
- pcr
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
전주홍님의 답변
2004-11-04- 0
일단 개인적으로 궁금해서 오히려 여쭤보고 싶습니다. oocyte, polar body라면 여자(암놈) embryo를 사용하시는 건지... 분화상 어느정도 지나야 embryo의 mature germ cell이 생겨나는지...oocyte 분리는 간편한지... 등등 궁금해서 여쭤봅니다... 그리고... 직접적인 문제해결에 도움이 될 것 같지는 않지만 사견을 적어보겠습니다. PCR은 참 variation이 많은 기법 중의 하나인 것 같습니다. intra-assay variation은 그나마 작다고 쳐도 inter-assay variation은 큰편이고 lab-to-lab variation은 더하겠죠... 또한 cross-contamination이 무척이나 심하구요...그러기에 PCR을 이용한 in vitro diagnostics가 쉽지는 않지요... 그래서 Optimization이란 말을 자주 사용하는게 아닐까 합니다. Optimization은 최고의 조건을 찾는게 아니라 최선의 조건을 확립하는 걸 말합니다. PCR의 target이 무엇이냐의 따라 reaction의 조건은 달라져야겠죠... 그렇기 때문에 annealing temperature, buffer composition, component concentration등 target에 따라 많이 다르기 때문에 한마디로 말하기가 힘들죠... 또한 목적이 amplication product만 확인할 것인지 product를 이용해서 그 다음 실험에 사용할 것인지도 중요하겠죠...혹시 PCR amplification을 이용한 Library제작인지요.. 요즘에는 워낙 고성능 PCR용 DNA polymerase가 많이 개발되어서 예전처럼 band확인하는 것은 어렵지 않게 되었습니다. PCR의 특허권을 가지고 있는 Roche에서 판매되는 거 보면 40kb이상도 PCR이 가능하다고 선전하고 있고 또한 예전에 정말 힘들었던 GC-rich sequence를 증폭시키는 것을 겨냥한 polymerase가 따로 시판되고 있죠... 그러니 sensitivity는 무지하고 좋아졌습니다. 정말 제한된 수의 template를 가지고 있어도 증폭이 가능 게 되었습니다. 또한 nested PCR을 하면 sensitivity와 specificity를 모두 향상시킬 수도 있습니다. PCR을 하기 위해서는 기본적으로 증폭되는 DNA의 size, GC-content등을 고려해야 할 것 같고 또한 positive control을 사용하시는 것도 매우 중요하겠죠...요즘 들어서 가장 중요한 고려사항 중의 하나는 어느 회사의 polymerase를 사용하는게 적합할까가 아닐까 싶구요... 직접적인 도움이 되지 못한거 같아서 죄송하지만 어떤 target을 증폭시킬지에 따라 워낙 달라서요... 하시는 일 잘 되시길 바랍니다...