2004-11-19
org.kosen.entty.User@61577178
김상엽(sang0717)
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phosphoprotein을 size만 알고 있을 경우 예상하기위해서 검색할수 있는 site를 문의합니다. 아시는 분 꼭 답변부탁드립니다.
- phosphorylation
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
신정규님의 답변
2004-11-19- 0
Phosphoprotein Database(PPDB) 사이트입니다. http://www-lecb.ncifcrf.gov/phosphoDB/ PPDB를 사용하여 검색한 한 예입니다. http://www-lecb.ncifcrf.gov/cgi-bin/dbEngine?phosphoDB,getDataByID,P26645 이외에 참고할 만한 사이트 Phospho.ELM - The Protein Phosphorylation Database http://phospho.elm.eu.org/ Protein Phosphorylation Database http://vigen.biochem.vt.edu/xpd/xpd.htm >phosphoprotein을 size만 알고 있을 경우 예상하기위해서 검색할수 있는 site를 문의합니다. 아시는 분 꼭 답변부탁드립니다. -
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전주홍님의 답변
2004-11-19- 0
Protein phosphorylation 관련 database는 많이 있습니다만 주로 phosphoprotein의 종류나 phosphorylation site에 대한 DB이거나 2D 분석을 통해 확인한 단백질을 정리해 놓은 것으로 알고 있습니다. 2D 분석을 통한 정보들은 주로 특정 target cell과 stress를 기준으로 phosphoprotein을 확인한 것이고, 또한, serine/threoine인지 tryrosine인지를 분류한 것이 일반적이겠지요. 그러므로, 이점에 유의를 해서 search를 하셔야 겠지요... (동일한 세포나 자극이 아니더라도 참고로는 할 수 있겠지요..물론 pI 값을 알고 있으면 좀 더 좋겠지만요...) 대략적으로 세포단백질의 1/3 정도는 kinase의 target이 될 것으로 추정하고 있으니 size만 가지고 예상하는 하는 것은 쉽지 않을 것으로 생각됩니다. 물론 간단하게, 예상되는 단백질로 IP하고 phospho-Ab로 western blotting을 해서 확인할 수는 있겠지만 risk를 많이 감소해야 겠지요... 좋은 결과 있으시길 바랍니다. >phosphoprotein을 size만 알고 있을 경우 예상하기위해서 검색할수 있는 site를 문의합니다. 아시는 분 꼭 답변부탁드립니다.