2004-12-30
org.kosen.entty.User@216ca8e1
이성일(major1)
- 2
antimicrobial peptide design를 의뢰하면 3D로 보여줄수 있는 사이트를 알고 싶습니다..
아미노산 20개정도를 할건데..
부탁드리겟습니다..
좋은 하루 되십시요...
- antimicrobial peptide
- design
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
이호진님의 답변
2004-12-30- 0
>antimicrobial peptide design를 의뢰하면 3D로 보여줄수 있는 사이트를 알고 싶습니다.. > 아미노산 20개정도를 할건데.. > >부탁드리겟습니다.. > >좋은 하루 되십시요. 질문의 요지가 뭔지 분명하지 않지만 제가 이해한 부분만 말씀드리겠습니다. 펩타이드 디자인을 의뢰하면 구조를 알려주는 곳을 알지 못합니다. 제가 알고 있는 상식으로는 펩타이드이 단백질 3차원 구조를 가지기는 매우 어렵습니다. 하지만.... 최근 짧은 펩타이드를 이용해 단백질 2차구조를 모방하는 연구가 활기를 띄고 있는 건 사실입니다. Gellman이라는 사람이 베타-아미노산을 이용해 antimicrobial peptide를 디자인 했던 연구를 발표했던 것으로 기억하고 있습니다. 보통 단백질은 알파-아미노산으로 이루어져 있지요. 그리고 단백질 구조를 예측해 주는 사이트가 있습니다. http://swissmodel.expasy.org/은 알려져 있는 단백질 구조를 바탕으로 구조를 예측해 주는 곳입니다. 만일 구조 예측을 하고자 하는 펩타이드의 시퀀스가 구조가 밝혀진 단백질과 상동(homology)가 없으면 예측을 하지 못합니다. -
답변
양성태님의 답변
2005-01-03- 0
>antimicrobial peptide design를 의뢰하면 3D로 보여줄수 있는 사이트를 알고 싶습니다.. > 아미노산 20개정도를 할건데.. > >부탁드리겟습니다.. > >좋은 하루 되십시요... membrane active antimicrobial peptides 는 보통 물에서는 특정 구조가 없지만 membrane 환경에서는 amphipathic 한 구조를 가집니다. 디자인 한 peptide가 helix 라 생각되면 일단 helical wheel diagram을 그려서 sidechain 의 방향성을 예측할수 있습니다. 이방법은 오래전부터 보다 amphipathic structure을 디자인하기 위해 사용되었고 다양한 membrane interaction실험을 해 왔습니다. 구조를 예측해 주는 사이트에서는 sequence homology가 높은 protein에 경우에 자주 사용되는테... 님의 경우는 아미노산 수가 너무 작아서 인터넷 사이트를 이용할수 없을 것입니다... insight II 를 이용하는 방법과... 정확한 3D 구조를 알고 싶으면 NMR 을 추천 합니다.