2005-01-14
org.kosen.entty.User@2e44d251
신용(shinyongno1)
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안녕하세요 저는 대학원생입니다.
다름이 아니고 제가 SNP에 대해 관심이 많아서 연구중에 있습니다.
그런데, Haplotype 과 Linkage disequillibrium 에 대해서 궁금한 점이 있어서 연락을 드립니다.
Haplotype을 구하는 방법과 LD를 구하는 쉬은 통계프로그램이 있으면 알려주셨으면 합니다.
Phase와 같은 프로그램은 알지만 정확히 이해가 가지 않습니다.
예를들어서
4가지의 SNP의 haplotype을 보려고 할때
1 2 3 4
Genotype AA AT GC TA
이러한 경우에는 Phase에 자료를 넣을때
생기는 여러가지 경우의 수를 모두 넣나요? 아님 어떻게 하나요?
경우의 수 1) A A G T
2) A T G T
3) A A C T
4) A A G A
5) A T C A
이러한 경우의 수를 모두 넣나요?
그리고 여기서 나온 frequency를 가지고 어떻게 R2와 LD값을 구하는지 궁금합니다.
알려주시면 감사하겠습니다.
- haplotype
- LD
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