2005-04-12
org.kosen.entty.User@4ab703f0
이현정(endeavor821)
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안녕하세요
궁금한게 있어 글 올립니다.
다름이 아니라 deletion mutant를 만들려고 하는데요
PCR를 통해 제가 가진 gene의 일부인 exon 11-15번을 포함한 mutant를 만들려고 하는데 DNA sequence를 가지고 exon, intron 위치를 알 수 있는 방법이 없나요?
gene full sequence를 알고 있는데 exon 부위를 알고 싶어요
빠른 답변 부탁드립니다
그럼 즐거운 하루 보내세요~
- deletion mutant
- exon region
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 4
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신정규님의 답변
2005-04-12- 0
>안녕하세요 >궁금한게 있어 글 올립니다. >다름이 아니라 deletion mutant를 만들려고 하는데요 >PCR를 통해 제가 가진 gene의 일부인 exon 11-15번을 포함한 mutant를 만들려고 하는데 DNA sequence를 가지고 exon, intron 위치를 알 수 있는 방법이 없나요? >gene full sequence를 알고 있는데 exon 부위를 알고 싶어요 > >빠른 답변 부탁드립니다 > >그럼 즐거운 하루 보내세요~ 도움이 되실지 모르겠지만 Exon analysis 하는 방법에 대한 내용을 첨부해 드립니다. 그리고 다음 사이트를 참고해 보시는 것도 좋은 것 같습니다. http://biozine.kribb.re.kr/kboard/board_view.php?code=ilbaninfo&search_sdate=&search_edate=&GotoPage=9&no=2594&rid=2594&sname=&sval= -
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전주홍님의 답변
2005-04-12- 0
예전에는 genomic DNA organization을 확인한 후 cDNA sequence와 서열을 비교해서 exon-intron junction을 파악했지만 지금은 사람과 마우스를 포함한 다수 종의 genome sequence가 알려져 있으니 만약 genome sequencing project가 완료된 species라면 NCBI의 genome resource 또는 genbank의 genome clone 서열를 이용하여 cDNA sequence와 matching시키면서 비교할 수 있습니다. Exon-intron junction은 splicing prediction program을 이용하여 예측할 수는 있으나 어디까지나 확률에 의존하는 방법이라고 생각합니다. splicing donor(GU)나 acceptor(AG) site로 알려져 염기서열의 길이가 매우 짧기 때문에 정확히 예측하기 힘든 측면도 있을 것으로 생각됩니다. 만약 해당 gene의 genomic DNA 서열에 대한 정보가 없으면 실험결과의 정확성을 기하기 위해선 exon-intron junction을 실험적으로 알아내야 하지 않을까 생각됩니다. 좋은 결과 있으시길 바래요...^^ >안녕하세요 >궁금한게 있어 글 올립니다. >다름이 아니라 deletion mutant를 만들려고 하는데요 >PCR를 통해 제가 가진 gene의 일부인 exon 11-15번을 포함한 mutant를 만들려고 하는데 DNA sequence를 가지고 exon, intron 위치를 알 수 있는 방법이 없나요? >gene full sequence를 알고 있는데 exon 부위를 알고 싶어요 > >빠른 답변 부탁드립니다 > >그럼 즐거운 하루 보내세요~ -
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박인영님의 답변
2005-04-13- 0
>안녕하세요 >궁금한게 있어 글 올립니다. >다름이 아니라 deletion mutant를 만들려고 하는데요 >PCR를 통해 제가 가진 gene의 일부인 exon 11-15번을 포함한 mutant를 만들려고 하는데 DNA sequence를 가지고 exon, intron 위치를 알 수 있는 방법이 없나요? >gene full sequence를 알고 있는데 exon 부위를 알고 싶어요 > >빠른 답변 부탁드립니다 > >그럼 즐거운 하루 보내세요~ 질문이 약간 모호하네요...cDNA sequence를 알고 있는 것인지 genomic sequence를 알고 있는 것인 지... human이나 mouse는 아닌 것 같고...아마도 현재 genomic sequence가 안나와있는 어떤 종이겠죠? cDNA sequence야 금방 알 수 있으니까. cDNA만을 알고있는 경우는 옛날 genome project 이전에 실험했던 것이 생각나네요. 그때 역시 cDNA만 알고 genomic sequence를 모르는 상황이었습니다. 일단 exon prediction program을 돌려서 위치를 추정하고 candidate 위치들에 대해 각각 primer sets를 만들어 genomic DNA로 PCR하여 intron의 위치와 size를 알아내었죠. cDNA와 똑같은 size가 나오면 그 region은 intron이 없는 것일테고, size가 크거나 아예 안나오면 그 region 안에 intron이 존재하는 것이기에..cDNA를 control로 하시면..대략 알 수 있을 거에요.. 또, junction 부위를 primer로 만들면 candidate site가 맞는 지도 알 수 있을 거고요.. 도움이 되셨기를.. -
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DELETED님의 답변
2010-01-09- 0
>안녕하세요>궁금한게 있어 글 올립니다.>다름이 아니라 deletion mutant를 만들려고 하는데요>PCR를 통해 제가 가진 gene의 일부인 exon 11-15번을 포함한 mutant를 만들려고 하는데 DNA sequence를 가지고 exon, intron 위치를 알 수 있는 방법이 없나요?>gene full sequence를 알고 있는데 exon 부위를 알고 싶어요>>빠른 답변 부탁드립니다>>그럼 즐거운 하루 보내세요~ Re:Spidey라는 site에 gDNA와 mRNA를 align하면 쉽게 알 수 있습니다.