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Coiled-coil structure는 일반적으로 많이 나타나는 protein-protein interaction motif 중의 하나입니다. 2 개 이상의 alpha-helix 구조가 서로 감싸고 있는 모양으로 7개 아미노산이 반복되는 경우가 많습니다. 이 때, 첫번째와 네번째 아미노산은 주로 hydrophobic residue가 나타나고 다섯번째, 일곱번째 아미노산에서는 charged residue가 많이 관찰됩니다. 총 단백질의 약 5%는 coiled-coil motif를 가지고 있는 것으로 추정하고 있습니다. Coiled-coil interaction은 specificity를 보이지만 specificity가 어떻게 나타나는지에 대해서는 정확히 알려져 있지는 않은 것 같습니다. 제 개인적인 생각으로 coiled-coil이 비특이적으로 결합한다는 말은 다음과 같은 이유가 아닐까 합니다. 1) Coiled-coil motif를 가진 단백질이 굉장히 많이 존재하고 interaction interface에 자주 관찰되기 때문에 nonspecific interaction의 가능성이 크기 때문이라고 생각하는 이유가 아닐까 합니다. 2) Yeast two-hybrid screen해서 interacting partner를 잡아낼 때 cytoskeletal protein이 나오면 비특이적 결합을 의심하는 경우가 많은데 이들은 coiled-coil motif를 가진 경우가 많습니다. 한가지는 nonspecific의 개념인데요... 사실 이 용어가 애매모호한 감이 있습니다. hydrophobicity 또는 charge characteristics 등에 의해 단백질의 특성 자체가 sticky해서 어떤 interacting partner인가에 상관없이 잘 결합함을 의미할 수도 있습니다. 또한 특정 조건이 주어지는 test tube에서는 결합을 하지만 세포내에서는 결합하지 않음을 의미할 수도 있습니다. 두가지 서로다른 interaction을 확인하는 기법에서는 결합 분석의 결과가 다르게 나올때도 nonspecific이라고 표현하기도 하죠... 세포내 단백질간의 interaction을 직접적으로 보여주기는 사실 힘듭니다. 많이 사용하는 Co-IP 방법은 endogenously synthesized protein 간의 interaction을 확인하는 방법이지만 세포를 부수고 특정 buffer에서 확인하는 것이기 때문에 엄밀히 말하면 in vivo interaction이 아니라 in vivo에서 만들어진 단백질의 interaction이 되겠죠... 물론 epitope tag이나 affinity tag을 붙인 후 overexpession을 시킨 시스템의 경우 overexpression의 artifact를 배제하기 힘들죠...FRET, BRET 등의 기법도과발현방법을 사용하기 때문에 이점이 가장 문제점으로 지적되고 있습니다. Interaction을 확인하는 방법에는 문제가 많기 때문에 interaction을 통한 functional alteration이 확인되지 않으면 사실 interaction이 정말 일어나는지를 확신하기 힘든 면이 있습니다. 물론 이때에는 interaction-defective mutant를 control로 사용해야 확실해 지겠죠... 아직 쉬운 방법이 개발되지는 않았지만 interaction을 못하게 만드는 interacting targeting에 대해 많은 사람들이 고민하고 있습니다. 원하시는 답을 제대로 한 것 같지는 않네요... 혹시 제가 잘못 알고 있는 것이 있으면 지적해 주세요...^^ >sequence에 coiled coil region이 있으면 다른 단백질과 nonspecific하게 interaction하는 경우가 많나요??? >논문에 그렇게 쓰여져 있는것 같은데 왜그런지 잘 모르겠습니다.... >가르쳐주세요~~~...