2005-05-09
org.kosen.entty.User@11a8bde9
김상우(doctor1)
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Oligo-chip에 대해 하나 여쭈고자 이렇게 글을 올립니다.
RAT의 oligo chip을 macrogen에 의뢰하여 분석할려고 합니다.
샘플은 세가지로 정상군과 질병유발군 그리고 drug 처리군입니다.
이렇게 나온 결과에 대해서 분석하는데 소요되는 시간을 대충이나마 알고 싶습니다. 그리고 얼마나 믿을수 있는 결과를 얻을 수 있는지도 궁금합니다.
마지막으로 데이타 해석하는데 걸린 시간도 알고 싶습니다.
경험이 있으신분들의 많은 조언 부탁드립니다.
- oligo-chip
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
전주홍님의 답변
2005-05-09- 0
제가 oligo chip에 대한 기본적인 지식을 많이 갖춘건 아니기 때문에 일반적인 견해를 적어보겠습니다. Rat는 inbred stain이 없는 것으로 알고 있는데요. 그렇다면 개체사이의 variation이 상당히 있을 가능성이 높겠죠...어느 조직을 이용해서 분석을 하실런지는 모르겠지만 rat 한마리당 duplicate를 할지 triplicate를 할지가 결정되어야되고 또한 rat를 몇 마리를 사용할 것인지를 결정하셔야 겠죠...세 그룹으로 나눈다면 사용하는 oligo chip의 수가 굉장히 많아지겠죠...drug을 처리하지 않은 control, 처리한 control, drug을 처리하지 않은 질환유발군, 처리한 질환유발군.... 또한 신뢰성을 높일려면 질병 유발시 acute-response, delayed response에 해당하는 gene profile을 본다던지 하는 등의 방향으로 그룹을 나누고 therapeutic effect가 어떻게 달라지는 time-kinetics 등의 분석이 필요하겠죠...expression profile이 나오더라도 correlation 관계인지 cause-result의 관계인지 알아내는 것 또 다른 일이 되겠죠... 제 생각으로는 확실한 목적이 정해지는 것이 가장 중요하다고 봅니다. 또한 분석을 하기전 experimental setting을 확실히 해야만 좋은 정보를 얻을 가능성이 높아질 것입니다. 그리고 제반지식이 어느정도 쌓여진 모델에서 분석하는 것이 expression profile에서 뽑아낼 수 있는 정보가 많아집니다. oligo chip을 profiling을 해서 좋은 정보를 얻으낸 분들도 많이 있지만 어떻게 해석을 해야될 지 몰라서 분석 결과를 덮어두고 계신 분들도 많이 있기 때문에 다각도로 생각을 해 보셔야 할 것 같습니다. 실험 strategy와 plan을 가지고 macrogen에 직접 문의하셔도 될 것 같은데요.... >Oligo-chip에 대해 하나 여쭈고자 이렇게 글을 올립니다. > >RAT의 oligo chip을 macrogen에 의뢰하여 분석할려고 합니다. >샘플은 세가지로 정상군과 질병유발군 그리고 drug 처리군입니다. >이렇게 나온 결과에 대해서 분석하는데 소요되는 시간을 대충이나마 알고 싶습니다. 그리고 얼마나 믿을수 있는 결과를 얻을 수 있는지도 궁금합니다. >마지막으로 데이타 해석하는데 걸린 시간도 알고 싶습니다. > >경험이 있으신분들의 많은 조언 부탁드립니다.