2005-05-27
org.kosen.entty.User@126ef606
소강표(kangpyo123)
- 3
Onsager Method 로 글루코스를 계산 할려고 하는데..
루트섹션 쪽의 문제 인것 같은데.. 계산이 진행 하다 중지 됨니다...
어떻게 해야할지 몰라서 글올림니다..
파일은 올릴수 없는 관계로.. 그냥 input파일의 내용 붙여 넣겠습니다..
# rhf/6-31+G* SCRF OPT Test
opt
0 1
C
C 1 B1
C 2 B2 1 A1
C 3 B3 2 A2 1 D1
C 4 B4 3 A3 2 D2
H 2 B5 1 A4 5 D3
H 1 B6 5 A5 4 D4
H 3 B7 2 A6 1 D5
H 4 B8 3 A7 2 D6
H 5 B9 4 A8 3 D7
O 3 B10 2 A9 1 D8
O 3 B11 2 A10 1 D9
H 12 B12 3 A11 2 D10
O 4 B13 3 A12 2 D11
H 14 B14 4 A13 3 D12
O 5 B15 4 A14 3 D13
H 16 B16 5 A15 4 D14
O 1 B17 5 A16 4 D15
H 18 B18 1 A17 5 D16
C 2 B19 1 A18 18 D17
H 20 B20 2 A19 1 D18
O 20 B21 2 A20 1 D19
H 22 B22 20 A21 2 D20
H 20 B23 2 A22 1 D21
B1 1.52596357
B2 2.45116087
B3 1.51551192
B4 1.51684795
B5 1.07979793
B6 1.08513435
B7 1.07647147
B8 1.08443118
B9 1.08071340
B10 1.42821360
B11 1.40459166
B12 0.95062105
B13 1.41402843
B14 0.95280646
B15 1.42902759
B16 0.95175137
B17 1.43435107
B18 0.95010576
B19 1.51382849
B20 1.08461526
B21 1.42295520
B22 0.95244925
B23 1.07882230
A1 90.61526971
A2 90.82166048
A3 109.57488942
A4 109.61291172
A5 108.66350863
A6 137.76797571
A7 107.40252139
A8 109.85235915
A9 31.90782222
A10 92.07049412
A11 114.46296291
A12 109.25964979
A13 111.54180905
A14 106.14804586
A15 112.29225493
A16 106.01164609
A17 114.85226048
A18 114.38923804
A19 109.53518989
A20 110.85408611
A21 111.10670371
A22 110.71116564
D1 -2.54088273
D2 30.55627124
D3 66.33907557
D4 -65.43898574
D5 -126.81437885
D6 -87.05651173
D7 62.73281720
D8 -126.23844419
D9 106.49538716
D10 105.25640316
D11 153.82798836
D12 -169.38698595
D13 -178.15648840
D14 -175.37204514
D15 176.19622821
D16 155.86921156
D17 73.11943958
D18 55.49278460
D19 177.76385212
D20 -55.21083594
D21 -64.86500765
6.97 78.39
맨아래 있는것은 물의 유전율과 구면 거리 입니다..
- computational chemistry
- glucose
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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답변
이호진님의 답변
2005-05-27- 0
용액 상 구조를 결정하기 위해서 하시는 것 같은데.. 제가 프로그램을 돌려봤는데(조금) 돌아가더라구요. 아마도 중간에 계산에 끝나는 것 같은데 그것은 Input에 넣으신 구조가 좋지 않아서 그럴 수 있습니다. Gaussian에서 default로 어느 정도 하다가(몇 번인지는 정확히 기억나지 않지만) 최적 구조에 가지 않으면 계산이 멈춥니다. 먼저 낮은 계산 수준에서 3-21g에서 Opt하신 다음에 그 결과를 다시 지금하시고자 하는 계산 수준에서 하시면 될 듯합니다. 그리고 HF라고만 하시면 됩니다. (rhf라고 하지 않아도 됨) 또는 계산하신 결과를 보시면 Cartian Coordination이 나오는데 이걸 이용해서 (마지막 구조 정보) # hf/6-31+g* scrf opt test 0 1 6 0 -0.957550 -0.130819 -0.777130 6 0 -0.966552 -0.115414 0.743621 6 0 1.468354 -0.136125 0.783936 6 0 1.515419 -0.221038 -0.727030 6 0 0.314443 0.511082 -1.287549 ....생략 6.97 78.39 로 하신 다음 다시 계산을 하시면 Gaussian 98 이상에서는 아마도 될 듯 합니다. 부디 계산이 끝나기를 바라며^^ > >맨아래 있는것은 물의 유전율과 구면 거리 입니다.. -
답변
소강표님의 답변
2005-05-27- 0
6-31+g* 3-21+g* 둘다 opt 시켜서 계산했는데.. 같은결과가 나오네요,, input 파일과 결과 파일 한번 올려 보겠습니다.. 무슨문제가 있는지 모르겠습니다.. input 파일 오류인가요? -
답변
이호진님의 답변
2005-05-28- 0
I just recognized that if you don't define the method as SCRF=dipole, Gaussian03 do calculate the solvent energy by using PCM method(see your output file). For PCM method, we can't optimize your molecule. If you want to use the Onsager model, you change the command line such as SCRF=dipole. You have to calculate the volume of your molecule before you run Gaussian03. Please, read the manual before you perform the calculation. Good luck. REQUIRED AND OPTIONAL INPUT: PCM MODELS Keywords and options specifying details for a PCM calculation (SCRF=PCM, CPCM or IEFPCM) may be specified in an additional blank-line terminated input section provided that the Read option is also specified. Keywords within this section follow general Gaussian input rules. The available keywords are listed in a separate subsection following the examples. REQUIRED INPUT: ONSAGER MODEL For the Onsager model (SCRF=Dipole), the solute radius in Angstroms and the dielectric constant of the solvent are read as two free-format real numbers on one line from the input stream. A suitable solute radius is computed by a gas-phase molecular volume calculation (in a separate job step); see the discussion of the Volume keyword.