2005-06-28
org.kosen.entty.User@47db4ef3
장성문(jangsm)
- 1
DNA의 계수를 위하여 dye(Sybr gold, picogreen)를 사용하고 있습니다. 보통 dye 자체의 형광 세기는 무시할 정도로 작은데, DNA에 결합하면 1000~4000배 정도의 형광세기를 가지는 것으로 알고 있습니다. 그런데 제가 실험한 결과, dye들끼리 aggregation을 형성하여 DNA에 결합하여 내는 형광보다 더 큰 형광 시그날을 만들어내고 있습니다. DMSO로 어느정도 aggregation을 감소 시킬수 있었으나 DMSO의 양이 많아질수록 DNA가 풀어지는 것으로 보여집니다. 그래서 dye의 aggregation을 없애는 방법이 있는지 궁금합니다.
- dye
- aggregation
지식의 출발은 질문, 모든 지식의 완성은 답변!
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변 1
-
답변
강형석님의 답변
2005-06-28- 0
그냥 개인적인 사견임을 밝혀둡니다. 일반적으로 dye probe와 검출물질이 모든 농도범위에서 선형성을 나타내지는 않습니다. 말씀하신 부분에 대해서는 실험해보지 않아서 잘 모르겠지만 일반적인 형광실험으로 보자면 그럴수도 있겠다는 생각이 드네요. 잘 아실텐데, 괜한 사족만 다는건 아닌가 싶습니다만, 측정하고자하는 DNA의 양에 대해 aggregation이 일어나지 않는 dye의 농도범위를 먼저 설정해야 하지 않을까 합니다. DNA의 농도는 한정되어 있는데 dye의 농도만 증가한다면 분명 aggregate를 형성할테니까요. 그러니까 정량곡선을 먼저 설정하는게 중요할 것 같습니다. 흔히 aggregation을 억제하고 probe와 검출물질과의 평형을 유도하기 위해 초음파 처리를 많이들 합니다만, 이런 방법도 설정된 농도범위에서 빨리 평형을 유도하기 위해 쓰는 방법이지 애시당초 aggregation이 일어날 농도범위라면 그다지 큰 효과를 보기는 어려울 것 같습니다. * 원론적으로 dye가 제 역할을 하려면 dye가 검출물질에 대해 selective binding을 해야할텐데요... 그게 아니라 자기들끼리 aggregation되는 정도와 검출물질에 binding하는 정도가 비슷비슷하다면 애초 그 dye는 분석에 사용되지 말았어야 합니다. 그런데 그 dye가 쓰이는 걸 보면 DNA에 selective하다는 말인데... 그런데도 aggregation이 일어난다면 dye의 농도를 너무 높게 잡으신 건 아닌가 추측이 드네요.