2005-08-04
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최순범(beom8649)
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미생물(박테리아)이 가지고 있는 amine(NH3+)의 양을 측정 하려고 합니다.
저의 연구실에서는 potentiometric titration 방법을 사용하여 미생물에 존재하는 amine 뿐만 아니라 carboxyl(COOH), phophonate(PO4-) 을 양적으로 분석할수 있었습니다.
하지만 저의 최근 고민은 위 방법으로 amine 의 양을 측정하는것은 매우 부정확 하다~ 라는 것입니다. 왜냐하면 amine group은 pH 9 정도에서 이온화가 되기 때문에 그정도 pH 면 단백질의 가수분해가 일어나서 본래 가지고 있는 amine group의 양보다 훨씬 많게 측정될 수 있다고 생각 하였기 때문입니다. 실제로 data를 fitting 하여 parameter를 구할때 높은 pH영역에 있는 데이터를 한두개 넣느냐 빼느냐에 따라 parameter 값이 최대 150% 까지 달라지는 것을 볼수 있었습니다.
서두가 길었습니다. 위 내용은 모르시는 분들이 많으실꺼라 생각 됩니다. 본론으로 들어갑니다. 미생물의 amine group의 양을 측정하는 새로운 방법을 개발(?) 또는 알아내서 사용하고자 합니다.
생화학 책을 뒤져보니 amino acid sequencing을 할때 첫번째로 하는 것이 FDNB 나 phenylisothiocyanate을 사용하여 단백질의 amine 말단에만 선택적으로 붙이더군요. 이때...아하~~~~~ 뭔가 좋은 생각이 떠올랐습니다. amine에만 선택적으로 붙는 염료(dye)가 있다면-염료의 양은 uv spectra로 분석할수 있겠지요- 이를 이용하면 amine의 양을 정확하게 측정할 수 있지 않을까요?
각분야에 전문가 여러분들의 조언을 부탁드립니다.
- amine
- analysis
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
모중환님의 답변
2005-08-05- 0
>미생물(박테리아)이 가지고 있는 amine(NH3+)의 양을 측정 하려고 합니다. >저의 연구실에서는 potentiometric titration 방법을 사용하여 미생물에 존재하는 amine 뿐만 아니라 carboxyl(COOH), phophonate(PO4-) 을 양적으로 분석할수 있었습니다. >하지만 저의 최근 고민은 위 방법으로 amine 의 양을 측정하는것은 매우 부정확 하다~ 라는 것입니다. 왜냐하면 amine group은 pH 9 정도에서 이온화가 되기 때문에 그정도 pH 면 단백질의 가수분해가 일어나서 본래 가지고 있는 amine group의 양보다 훨씬 많게 측정될 수 있다고 생각 하였기 때문입니다. 실제로 data를 fitting 하여 parameter를 구할때 높은 pH영역에 있는 데이터를 한두개 넣느냐 빼느냐에 따라 parameter 값이 최대 150% 까지 달라지는 것을 볼수 있었습니다. > >서두가 길었습니다. 위 내용은 모르시는 분들이 많으실꺼라 생각 됩니다. 본론으로 들어갑니다. 미생물의 amine group의 양을 측정하는 새로운 방법을 개발(?) 또는 알아내서 사용하고자 합니다. >생화학 책을 뒤져보니 amino acid sequencing을 할때 첫번째로 하는 것이 FDNB 나 phenylisothiocyanate을 사용하여 단백질의 amine 말단에만 선택적으로 붙이더군요. 이때...아하~~~~~ 뭔가 좋은 생각이 떠올랐습니다. amine에만 선택적으로 붙는 염료(dye)가 있다면-염료의 양은 uv spectra로 분석할수 있겠지요- 이를 이용하면 amine의 양을 정확하게 측정할 수 있지 않을까요? >각분야에 전문가 여러분들의 조언을 부탁드립니다. -
답변
하재석님의 답변
2005-08-09- 0
우선 말씀하신 amine group이라는게 단백질을 구성하고 있는 아미노산들의 amino group을 말하시는 건가요? 그렇다면 http://www.invitrogen.com에서 amine reactive dye의 키워드로 검색해 보시면 몇가지 찾아볼 수 있기는 한데요, 대부분이 아미노산 하나하나의 amine group을 대상으로 한다기 보다는 protein을 대상으로 하기 때문에 원하시는 정보는 아닐수도 있겠네요. 하지만 말씀하신 amine group이라는게 단백질 혹은 펩타이드의 'N-terminal(amino-terminal)'의 amine group을 말하시는 거라면, 이미 알고 계시는 방법으로도 충분히 정량적으로 분석이 가능할 것으로 생각됩니다. 즉, amino acid sequencing에 사용하는 phenylisothiocyanate은 단백질 혹은 펩타이드의 'N-terminal에만 결합하죠. 그리고 결합되어진 phenylisothiocyanate는 HPLC에 장착한 reverse-phase C-18 column을 이용해서 270nm에서 검출하는 것으로 알고 있는데요, 그렇다면 정량도 가능하겠지요. 도움이 됐기를 바랍니다.