2005-08-14
org.kosen.entty.User@335a2abe
김현령(isabelle)
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단백질 100 마이크로 그램을 1% SDS 와 0,7% DTT를 넣어서 50도에 2시간 놔두면 충분히 denaturation 되는지요?
그리고 나중에 이샘플로 2D-PAGE 하려고하는데 상온에서 보존해도 되나요? SDS넣고 냉동시키면 안된다는 말을 들은거 같아서요....
그럼 리플부탁 드립니다.
꾸뻑
- gusdud
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답변 2
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답변
전주홍님의 답변
2005-08-14- 0
여러가지 의견이 많이 나올 것 같습니다... 제 개인적인 생각은 Denaturation의 정도는 단백질마다 다르기 때문에 단정지어 말하기는 힘들 것 같습니다. Compact한 구조를 가진 단백질들은 상당량의 Urea나 Guanidine hydrochloride의 안정성을 나타내기도 하니까요...SDS는 단백질을 제대로 denaturation시키지 못합니다. 단백질의 3차 구조를 풀어주지 않은 상태에서는 SDS는 단백질의 표면을 coating하는 정도 입니다. 물론 이러한 것이 단백질의 구조를 어느정도 풀리게 할 수는 있죠...예를 들면, proteinase K나 RNase 등은 SDS가 들어있는 buffer에서 실험을 수행을 많이 합니다. 조금 더 효율적으로 단백질을 denaturation시키시려면 urea를 포함시키는 것도 한가지 방법일 듯한데요...Guanidine hydrochloride은 안정성이 높지만 SDS와 만나면 침전이됩니다. 반면 Urea는 decomposition에 의해 cyanide ion의 생성 위험도가 있죠... SDS는 4%에서 침전이 됩니다. 그래서 부득이 4도씨에서 실험을 할 경우엔 LiDS를 사용하기도 하죠...그러므로 얼리면서 침전이 일어나게 되는데 다시 잘 녹이면 침전물들이 없어집니다. 실험의 목적에 따라 단정지어 말하기 힘들겠지만 저는 별 이상없이 얼려놓고 사용하고 있습니다. 물론 단백질을 얼렸다 녹이면 항상 일정량의 침전물은 생깁니다. 실온보관을 했을 때 자발적 가수분해에 의한 샘플손실과 손익을 따져 봐야할텐데 그건 어려운 문제인것 같네요... -
답변
박인영님의 답변
2005-10-25- 0
Denature되는 정도는 단백질에 따라 다릅니다. 팔팔 끓여도 denature가 잘 안되는 것도 있어요..심지어 Urea를 처리해도 그러더군요..Boiling하시는 게 좋겠습니다. 보관은 이런 조건에서 proteinase K같은 처리도 하기도 하니까 안전하다고 볼 수 없습니다. SDS가 있다고 해서 침전때문에 얼릴 수 없는 것은 아닙니다. 오히려 섭씨 4도에서 오래있으면 침전이 생기죠. 그냥 deep freezer에 보관하시는 것이 좋겠습니다.