2005-10-19
org.kosen.entty.User@21f222d3
김상우(doctor1)
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Protein sequencing을 하기위해서 몇가지 질문 드리겠습니다.
2DE을 실시하고 silver stain한 gel에서 SPOT들을 회수하여 protein을 isolation하게 되면
이 protein을 다시 1D에서 전기영동해서 sepuencing이 가능한지 여부를 여쭤보고 싶습니다.
또 이러한 과정에 대해서 경험이 있으시다면 몇가지 방법적인것도 알려주시면 대단히 감사드리겠습니다.
- Protein
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
전주홍님의 답변
2005-10-21- 0
1D를 굳이 해야되는 지가 의문스럽습니다. 만약 N-terminal sequencing을 한다면 양이 굉장히 많이 필요로 합니다. 예전에 기초과학지원 센터에 의뢰해서 N-terminal sequencing을 한적이 있는데 10 microgram 정도의 양을 요구했습니다. 만약 MS/MS로 sequencing을 하신다면 spot을 회수하여 진행할 수 있습니다. 물론 sequence coverage는 하나의 고려해야 할 문제겠지요... >Protein sequencing을 하기위해서 몇가지 질문 드리겠습니다. > >2DE을 실시하고 silver stain한 gel에서 SPOT들을 회수하여 protein을 isolation하게 되면 > >이 protein을 다시 1D에서 전기영동해서 sepuencing이 가능한지 여부를 여쭤보고 싶습니다. > >또 이러한 과정에 대해서 경험이 있으시다면 몇가지 방법적인것도 알려주시면 대단히 감사드리겠습니다. > > -
답변
이영필님의 답변
2005-10-21- 0
질문하신 분의 의도가 무엇인지를 잘 모르겠지만 같은 연구소에 있는 담당자께 확인해 본 바를 전달 드립니다. 1. Silver staining을 한 다음에는 N-term seq이 가능할 것 같지는 않습니다만, Coomassie로 staining 가능하다면 PVDF memb을 blotting한 후에 spot에 대한 N-term 직접 가능합니다. 2. SPOT에 대한 Identitication을 위해서라면 silver staining 대신에 Ruby staining (silver와 비슷한 수준의 민감도)을 하면 isolation한 spot에 대한 protein mass로 ID를 확인해 볼 수 있습니다. 3. 만약 꼭 silver staining된 spot에 대한 Mass 분석을 하시고자 한다면 destaing과정을 거친 후에 Mass분석 가능하다고 합니다. 4. Isolation된 spot을 다시 1D electro할 이유는 없을 것 같습니다. >Protein sequencing을 하기위해서 몇가지 질문 드리겠습니다. > >2DE을 실시하고 silver stain한 gel에서 SPOT들을 회수하여 protein을 isolation하게 되면 > >이 protein을 다시 1D에서 전기영동해서 sepuencing이 가능한지 여부를 여쭤보고 싶습니다. > >또 이러한 과정에 대해서 경험이 있으시다면 몇가지 방법적인것도 알려주시면 대단히 감사드리겠습니다. > >