2005-10-28
org.kosen.entty.User@387645b0
이현정(endeavor821)
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안녕하세요~
실험하다 궁금한 점이 생겨 이렇게 글을 올리게 됐습니다.
다름이 아니라 제가 protein-protein interaction에 의한 translation level 을 볼려고 하는데요.
protein A는 자신의 mRMA 에 binding하는 성질을 갖고 있고 이로 인해 translation을 inhibition한다고 알려져 있는 protein입니다.
그리고 protein B는 Eucaryotic initiation factor인데 이 두 protein을 사용하여 luciferase activity를 측정해봤습니다.
그러니깐 실험 과정을 설명드리자면
1번) control - only luciferase DNA
2번, 3번, 4번) Protein A의 양을 점차 늘려줍니다. (W/O protein B)
5번, 6번, 7번) Protein A의 양을 일정하게 하고[4번에서 사용했던 protein A의 양으로 정함] protein B의 양을 점차 늘려줍니다.
이를 in vitro translation하여 translated protein 2ul를 luciferine 30ul와 섞어 luciferase activity를 측정했습니다.
예상하기론, Protein A 양이 증가함으로 인해 translation activity는 떨어지고 Protein A양이 일정한 조건에서 Protein B양을 점차 늘려주게 되면 protein A의 translational inhibition 기능이 protein B에 의해 상쇄되어 Control DNA의 Translation level 증가 할 것이라 예상했습니다.
그런데 예상과 달리 Protein A + B를 섞었더니 오히려 control DNA의 translation activity가 더 떨어졌는데 실험결과가 잘못 나온 건가요?
제 생각엔 처음에 예상했던 것처럼 Protein A에 Protein B를 넣어줌으로 인해 Protein A의 역할이 상쇄되어 Translation의 정도가 protein B를 넣기 전보다 회복될 수 있다고 생각할 수 있지만 그 반대로 protein A에 protein B를 넣어줌으로 protein A의 기능이 더 activation되어 translational inhibition이 더 증가될 수도 있지 않나요??
아무리 protein B가 transcriptional & translational factor라 할지라도 translation을 inhibition하는 protein에 의해 protein B의 기능은 완전히 상실되고 오히려 protein A의 기능이 증가하는.... 이런 일은 불가능한가요??///
궁금합니다. 위 translation한 sample들을 PAGE gel에 걸어 film에 현상하여 밴드 패턴을 볼려고 하는데 그건 아직 확인 못했거든요...
한 시간 후 쯤엔 그 결과를 볼 수 있을 것 같은데....
암튼 밴드 패턴은 어떻게 나올지 궁금하네요...
제 생각이 틀렸는지,,,, 아님 가능성이 있는 얘긴지 알고 싶습니다.
그럼 빠른 답변 기다릴게요~~
- translation level
- protein-protein interaction
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답변 1
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답변
박인영님의 답변
2005-10-31- 0
>안녕하세요~ >실험하다 궁금한 점이 생겨 이렇게 글을 올리게 됐습니다. >다름이 아니라 제가 protein-protein interaction에 의한 translation level 을 볼려고 하는데요. > >protein A는 자신의 mRMA 에 binding하는 성질을 갖고 있고 이로 인해 translation을 inhibition한다고 알려져 있는 protein입니다. > >그리고 protein B는 Eucaryotic initiation factor인데 이 두 protein을 사용하여 luciferase activity를 측정해봤습니다. >그러니깐 실험 과정을 설명드리자면 > >1번) control - only luciferase DNA >2번, 3번, 4번) Protein A의 양을 점차 늘려줍니다. (W/O protein B) >5번, 6번, 7번) Protein A의 양을 일정하게 하고[4번에서 사용했던 protein A의 양으로 정함] protein B의 양을 점차 늘려줍니다. > >이를 in vitro translation하여 translated protein 2ul를 luciferine 30ul와 섞어 luciferase activity를 측정했습니다. > >예상하기론, Protein A 양이 증가함으로 인해 translation activity는 떨어지고 Protein A양이 일정한 조건에서 Protein B양을 점차 늘려주게 되면 protein A의 translational inhibition 기능이 protein B에 의해 상쇄되어 Control DNA의 Translation level 증가 할 것이라 예상했습니다. > >그런데 예상과 달리 Protein A + B를 섞었더니 오히려 control DNA의 translation activity가 더 떨어졌는데 실험결과가 잘못 나온 건가요? > >제 생각엔 처음에 예상했던 것처럼 Protein A에 Protein B를 넣어줌으로 인해 Protein A의 역할이 상쇄되어 Translation의 정도가 protein B를 넣기 전보다 회복될 수 있다고 생각할 수 있지만 그 반대로 protein A에 protein B를 넣어줌으로 protein A의 기능이 더 activation되어 translational inhibition이 더 증가될 수도 있지 않나요?? >아무리 protein B가 transcriptional & translational factor라 할지라도 translation을 inhibition하는 protein에 의해 protein B의 기능은 완전히 상실되고 오히려 protein A의 기능이 증가하는.... 이런 일은 불가능한가요??/// > >궁금합니다. 위 translation한 sample들을 PAGE gel에 걸어 film에 현상하여 밴드 패턴을 볼려고 하는데 그건 아직 확인 못했거든요... >한 시간 후 쯤엔 그 결과를 볼 수 있을 것 같은데.... >암튼 밴드 패턴은 어떻게 나올지 궁금하네요... > >제 생각이 틀렸는지,,,, 아님> 가능성이 있는 얘긴지 알고 싶습니다. >그럼 빠른 답변 기다릴게요~~ 흔하지 않은 실험 data이군요.. Iron regulatory protein (IRP-1)이 mRNA 상의 IRE에 binding하여 translation을 inhibition하는 논문 예를 들어 설명하겠습니다. (논문 첨부) 마지막 model그림을 보시면 IRP-1이 binding하더라도 mRNA 상에 binding하는 translation factor들은 농도를 증가시키더라도 영향을 받지 않을 것으로 생각됩니다. 이와 반대로 IRP-1에 의해 exclusion되는 eIF3의 경우는 eIF3의 농도를 증가시켰을 때 inhibition이 줄어들겠죠.. 여기서 만약 IRP-1가 상당량 존재 하에 eIF4G를 증가시키면 elF4G가 IRP-1을 recruit시켜서 translation inhibition이 될 것이라고 생각됩니다. 님의 경우 protein A가 상당량 존재 하에 protein B가 protein A를 recruit해서 생긴 현상이라고 해석할 수 있군요...단 protein A와 protein B의 binding affinity가 protein B와 다른 translation initiation factor들 과의 binding affinity 보다 커야 가능하겠죠.. 도움이 되셨기를..