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지식나눔

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emsa (electrophoretic mobility shift assay) 에 대한 질문

2006-01-04 org.kosen.entty.User@430df384 전정옥(imjjang)
  • 1
기존에 isotope를 쓰지 않은 방법을 찾던 중 invitrogen에서는 sybr Green & Syber RUby를 이용하는 방법이 있고 pierce에서는 chemiluminscent를 이용하는데 이건 DNA에 biotin 붙이는 듯 합니다... 제가 EMSA는 처음이라 아직 잘 감이 잡히지 않네요.... 어느 회사 kit를 쓰는게 더 나을 까요?
  • emsa
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답변 1
  • 답변

    김성환님의 답변

    2006-01-04
    • 0
    좀 힘들긴 하지만 isotope을 사용하는 방법이 제일 좋을 것 같습니다. 저도 isotope를 쓰지 않은 방법을 찾던 중 invitrogen 제품을 사용해 봤는데 프로토콜을 읽어보셨으면 아시겠지만 그리 깔끔하게 정리되어 있지도 않고 그림 예로 나온 것을 보면 lac operator DNA을 사용하여 lac repressor protein의 결합을 본 실험이더군요. 즉, single target DNA와 protein을 이용하여 결합이 잘 되고 잘 관찰된다는 것인데... 실제적으로 NF-kB DNA와 nuclear extract를 사용하여 해 보면 밴드가 거의 보이질 않더군요. 3번 정도 해보다가 프로토콜 setting하는 것이 잘 되질 않아 포기했습니다. 그래서 지금은 다시 isotope으로 하려고 합니다. isotope관련된 EMSA는 manual도 잘 정리되어 있거든요. 아니면 Novagen에서 나오는 Noshift Transcription factor assay kit을 사용해 보는 것도 대안이 될 수 있을 것 같습니다. Panomics에서도 isotope를 사용하지 않고 하는 EMSA 'Gel-shift' kit를 팔고 있는데 단점이라고 하면 western blot처럼 gel을 membrane에 transfer해야 한다는 것입니다. 도움이 되시길 바랍니다.
    답변수정
    좀 힘들긴 하지만 isotope을 사용하는 방법이 제일 좋을 것 같습니다. 저도 isotope를 쓰지 않은 방법을 찾던 중 invitrogen 제품을 사용해 봤는데 프로토콜을 읽어보셨으면 아시겠지만 그리 깔끔하게 정리되어 있지도 않고 그림 예로 나온 것을 보면 lac operator DNA을 사용하여 lac repressor protein의 결합을 본 실험이더군요. 즉, single target DNA와 protein을 이용하여 결합이 잘 되고 잘 관찰된다는 것인데... 실제적으로 NF-kB DNA와 nuclear extract를 사용하여 해 보면 밴드가 거의 보이질 않더군요. 3번 정도 해보다가 프로토콜 setting하는 것이 잘 되질 않아 포기했습니다. 그래서 지금은 다시 isotope으로 하려고 합니다. isotope관련된 EMSA는 manual도 잘 정리되어 있거든요. 아니면 Novagen에서 나오는 Noshift Transcription factor assay kit을 사용해 보는 것도 대안이 될 수 있을 것 같습니다. Panomics에서도 isotope를 사용하지 않고 하는 EMSA 'Gel-shift' kit를 팔고 있는데 단점이라고 하면 western blot처럼 gel을 membrane에 transfer해야 한다는 것입니다. 도움이 되시길 바랍니다.
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