2006-04-06
org.kosen.entty.User@65611a8d
조확래(hwok3695)
- 1
저는 b-actin이나 gapdh, 18s를 모두 사용해 봤는데
돼지쪽에서는 안맞는거 같습니다.
다른 gene을 사용하시는 분이 계시면 답변 부탁드립니다.(돼지나 소관련 실험해보신분
이나 mammalian쪽에서 실험하고 계신분이면 더욱 좋습니다.)
- housekeeping gene
지식의 출발은 질문, 모든 지식의 완성은 답변!
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변 1
-
답변
심준완님의 답변
2006-04-07- 0
님이 언급하신 것들이 HKG로 널리 애용되고 있는 것입니다. 추가로 PCR array에서 흔히 쓰는 HKG: Glucuronidase, beta Hypoxanthine guanine phosphoribosyl transferase 1 Heat shock protein 1, beta 가 있습니다. Array의 경우, 복수 개의 HKG를 한꺼번에 사용해서 평균치를 사용하곤 하는데, 이를테면 위 URL에 걸려 있는 Well # H1 ~ H12까지는 위에 언급한 세가지 HKG에 추가로, gapdh와 beta actin (의 경우 concentration을 다르게 가져감)이 사용되고 있습니다. HKG의 band 혹은 Ct value의 일관성에 매달려 있다 시간 허비 하지 마시고, PCR에 사용하고 있는 template 의 양은 well마다 정확했는지, 샘플마다 DNA contamination은 없었는지, 내 RNA의 purity와 quality는 재차 검증해 보건데 이상없는지, 내 pipetting에 문제는 없었는지, 기초적인 곳으로 돌아가 다시 점검을 해 보실 것을 권고드립니다. human GAPDH로부터 각종 HKG가 사실은 다양한 Ct value를 가지고 있으며, 늘 일정하지 않을 수도 있다는 보고가 몇 몇 있어 왔습니다만, 다른 assay를 쓰시지 않고 RT를 이용해 PCR하실 것이라면, 님께서 언급하신 바로 그 놈들이, 여태껏 주로 사용되고 있는 바로 그 HKG 입니다. 더불어 gapdh의 경우도 murine, rattus, porcine 별로 계속 sequence가 update되는 경우가 많으니 Primer 3 (S/W)와 pubmed nucleotide sequence DB를 이용하셔서 사용하고 계신 GAPDH 혹은 여타의 gene sequence가 가장 최근의 것으로 믿을 만한지 검토해 보시기 바랍니다. 제일 좋은 방법 중 하나는 pig data를 요즘에 발표한 그룹의 HKG를 그대로 가져다 쓰시는 방법일 것 같습니다. 그럼...