2006-12-05
org.kosen.entty.User@56c0cb83
홍경옥(hongko95)
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primer desig을 하려고 Primer3's design 프로그램을 돌려봤는데도
원하는 product size가 작아서
적당한 primer가 나오질 않습니다.
이럴땐 어떻게 해야하나요
- PCR
- primer
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답변 2
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답변
정철웅님의 답변
2006-12-05- 0
>primer desig을 하려고 Primer3's design 프로그램을 돌려봤는데도 >원하는 product size가 작아서 >적당한 primer가 나오질 않습니다. >이럴땐 어떻게 해야하나요 질문을 더 자세히 해주시면 더 좋은 답변을 해 드릴 것 같은데... 원하는 사이즈가 얼마이신가요? library에서 PCR 하시는 겁니까? 아니면 subcloning? 추정하여 답변 드리면, 일단 원하는 유전자의 sequence를 아시면 대략 20~25 mer를 적으신후 GC contents를 고려하여 첨삭을 해 보시고, Tm 값을 계산해 보시기 바랍니다. 운하시는 product가 매우 작으면 아예 긴 oligo를 만들어서 annealing 시켜서 cloning 하시는 것은 어떠신지요? -
답변
윤재영님의 답변
2006-12-05- 0
프라이머 디자인을 위해서는 몇가지 고려할 사항이 있습니다. . GC 함량(Tm) . 두 프라이머 간의 GC 함량의 균형 . 프라이머 말단 중 3' 방향에 GC를 포함 시키기 . template의 복잡도(genomic library 등에서의 PCR 인가의 여부?) 등등 입니다. 일단은 어느정도 시행착오를 거치면서 실험을 진행하는 것이 중요합니다. 물런 이 과정에서 PCR components, Tag의 선택 등도 중요한 요소입니다. 개인적으로는 프로그램에 의존하기 보다는 직접 디자인하는 것이 성공 확율이 더 높았던 것 같습니다. >primer desig을 하려고 Primer3's design 프로그램을 돌려봤는데도 >원하는 product size가 작아서 >적당한 primer가 나오질 않습니다. >이럴땐 어떻게 해야하나요