2007-03-17
org.kosen.entty.User@4b2cdce1
고광석(marious)
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많은 분들이 blotting 의 객관적인 수자화를 위해 NIH에서 공급하는 "Image J"를 사용하고 계시는 걸로 알고 있습니다. 저도 사용해 보려고 설치했습니다만.. 도움이 조금 필요 하네요.
이 프로그램은 화상의 밝기를 숫자로 표기하기 때문에 밝을 수록 큰 숫자를 결과로 산출합니다. 그런데 보통 blotting의 밴드는 어두운 색이기 때문에 밴드의 밀도가 높을 수록 더 낮은 결과를 주기 때문에 실제 자료로 사용하시에는 좀 힘이 드네요.
또한 밴드의 인화 시 사용하는 필름 자체가 진한 회색이기 때문인가요?
눈으로도 확연히 두 배 이상의 차이가 나는 밴드간의 수자화된 밀도는 (Image J로 계산된) 큰 차이가 나지 않네요..
NIH 사이트에서 사용법을 많이 읽어 보았지만 제가 가진 기본적인 분제의 해결 방법에 대해서는 명확한 답을 찾을 수가 없었습니다. 혹시 이 프로그램에 대해서 잘 아시는 분.. 명쾌한 설명 좀 부탁 드립니다....
미국에서... 열포닥 중인 소인 문의 드립니다..
- Image J
- NIH
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답변
변경필님의 답변
2007-03-19- 0
안녕하세요... 도움이 될련지 모르겠습니다. 저두 이런 저런 이미지 분석에 imageJ를 사용하고 있습니다. 님의 글을 봐서는 어떤 방식으로 분석을 시도 하셨는지 잘 모르겠습니다만, 아래 다음 주소 (http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/menus/analyze.html)에서 gel submenu를 확인 해보시길 바랍니다. image J는 설명서에 주어진 내용을 가지고 응용해서 사용하시면 될것입니다. 응용이 중요합니다. 하지만, 근거가 있는 응용을 해야겠죠... image J 프로그램 내의 sample 이미지 중 gel 또는 dot_blot이미지를 가지고 아래 설명서(imageJ 사이트 내용)대로 해보시면 쉽게 해결 할듯 싶습니다. 그러면 쉽게 분석이 가능 할것입니다. 분석을 위한 plots이미지가 만약 역상으로 나타나면 gels submenu의 gel analyzer of options에서 peak 설정을 바꾸어 주면 됩니다. Label Peaks to label를 이용한 방법 이외에 peak의 면적을 계산 해주어도 됩니다. 도움이 되었으면 좋겠습니다. 수고하세요.. Gels Submenu Use the commands in this submenu to analyze one-dimensional electrophoretic gels. These commands are similar to the Gel Plotting Macros distributed with NIH Image. Both use a simple graphical method that involves generating lane profile plots, drawing lines to enclose peaks of interest, and then measuring peak areas using the wand tool. [Gel] Here is what you need to do to analyse a 1-D gel: 1. Use the rectangular selection tool to outline the first lane. This should be the left most lane if the lanes are vertical or the top lane if the lanes are horizontal. Note that lanes are assummed to be vertical unless the width of the initial selection is at least twice its height. 2. Select Analyze>Gels>Select First Lane (or press “1“) and “Lane 1 selected“ will be displayed in the status bar. ImageJ will also duplicate the image and outline and label the lane if “Outline Lanes“ is checked in the Analyze>Gels>Gel Analyzer Options. 3. Move the rectangular selection right to the next lane (or down if the lanes are horizontal) and select Analyze>Gels>Select Next Lane (or press “2“). “Lane 2 selected“ will be displayed in the status bar. ImageJ will also outline and label the lane if “Outline Lanes“ is checked. 4. Repeat the previous step for each remaining lane. 5. Select Analyze>Gels>Plot Lanes (or press “3“) to generate the lane profile plots. 6. Use the straight line selection tool to draw base lines and/or drop lines so that each peak of interest defines a closed area. To get to all the lanes, it may be necessary to scroll the image vertically using the “Hand“ tool. (Hold down the space bar to temporarily switch to this tool). 7. For each peak, measure the size by clicking inside with the wand tool. If necessary, scroll the image by holding down the shift key and dragging. 8. Select Analyze>Gels>Label Peaks to label each measured peak with its size as a percent of the total size of the measured peaks. For practice, a sample gel is available in the File>Sample Images submenu. A tutorial is also available that shows how to use this procedure to analyze a dot blot. ============================================================== >많은 분들이 blotting 의 객관적인 수자화를 위해 NIH에서 공급하는 “Image J“를 사용하고 계시는 걸로 알고 있습니다. 저도 사용해 보려고 설치했습니다만.. 도움이 조금 필요 하네요. > >이 프로그램은 화상의 밝기를 숫자로 표기하기 때문에 밝을 수록 큰 숫자를 결과로 산출합니다. 그런데 보통 blotting의 밴드는 어두운 색이기 때문에 밴드의 밀도가 높을 수록 더 낮은 결과를 주기 때문에 실제 자료로 사용하시에는 좀 힘이 드네요. > >또한 밴드의 인화 시 사용하는 필름 자체가 진한 회색이기 때문인가요? >눈으로도 확연히 두 배 이상의 차이가 나는 밴드간의 수자화된 밀도는 (Image J로 계산된) 큰 차이가 나지 않네요.. > >NIH 사이트에서 사용법을 많이 읽어 보았지만 제가 가진 기본적인 분제의 해결 방법에 대해서는 명확한 답을 찾을 수가 없었습니다. 혹시 이 프로그램에 대해서 잘 아시는 분.. 명쾌한 설명 좀 부탁 드립니다.... > >미국에서... 열포닥 중인 소인 문의 드립니다.. >