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지식나눔

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왜 PCR product cloning 시에 bacteria는 단 한개의 plasmid만 받아들일까?

2007-03-28 org.kosen.entty.User@7fedf5a0 김상태(adanson)
  • 3
수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. 1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... 2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요?
  • cloning
  • plasmid
  • bacteria
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답변 3
  • 답변

    김상태님의 답변

    2007-03-29
    • 0
    >수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. > >1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 > - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... >2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요? 윗 글에서 답변 주신 분 께서 yeast의 경우 여러 plasmid를 받아들일 수 있다고 하셨는데 이것이 bacteria의 경우도 그러한지 정확히 다시한번 여쭈어보고 싶군요. Yeast의 경우야 Y2H실험등을 통해 많이 알려져 있는 것 같습니다. 그러나 제 생각으로는 bacteria의 경우는 틀릴것 같습니다. 만약 bacteria가 여러개의 plasmid를 동시에 받아들일 수 있다면 이론적으로 클로닝이라는 것이 무척 어려워 질 것 같네요. insert가 들어있는 놈과 insert가 없는놈이 같이들어간다면 또한 polymorphism이 존재하는 여러카피들이 한꺼번에 들어간다면 cloning의 의미가 없어질 것 같네요. 하지만 실제로 heterogeneous한 PCR product의 클로닝 시에 모든 (아니면 거의 대부분의) 클론들이 시퀀싱을 해보면 단 한종류의 시퀀스만을 갖고 있는 것을 보아 하나의 세포는 단 하나의 플라즈미드만이 존재하는 것 같습니다. 대부분의 cell이 하나만의 plasmid를 갖는 것이 단지 클로닝 시에 PCR product의 농도에 따른 chance by chance의 사건에 의한 것인지 아니면 하나의 plasmid를 받아들인 후 다른 플라즈미드를 받아들이지 않는 어떠한 기작이 존재하는 것인지가 저의 질문 입니다.
    답변수정
    >수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. > >1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 > - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... >2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요? 윗 글에서 답변 주신 분 께서 yeast의 경우 여러 plasmid를 받아들일 수 있다고 하셨는데 이것이 bacteria의 경우도 그러한지 정확히 다시한번 여쭈어보고 싶군요. Yeast의 경우야 Y2H실험등을 통해 많이 알려져 있는 것 같습니다. 그러나 제 생각으로는 bacteria의 경우는 틀릴것 같습니다. 만약 bacteria가 여러개의 plasmid를 동시에 받아들일 수 있다면 이론적으로 클로닝이라는 것이 무척 어려워 질 것 같네요. insert가 들어있는 놈과 insert가 없는놈이 같이들어간다면 또한 polymorphism이 존재하는 여러카피들이 한꺼번에 들어간다면 cloning의 의미가 없어질 것 같네요. 하지만 실제로 heterogeneous한 PCR product의 클로닝 시에 모든 (아니면 거의 대부분의) 클론들이 시퀀싱을 해보면 단 한종류의 시퀀스만을 갖고 있는 것을 보아 하나의 세포는 단 하나의 플라즈미드만이 존재하는 것 같습니다. 대부분의 cell이 하나만의 plasmid를 갖는 것이 단지 클로닝 시에 PCR product의 농도에 따른 chance by chance의 사건에 의한 것인지 아니면 하나의 plasmid를 받아들인 후 다른 플라즈미드를 받아들이지 않는 어떠한 기작이 존재하는 것인지가 저의 질문 입니다.
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    전주홍님의 답변

    2007-03-29
    • 0

    첨부파일

    받아들이는 건 문제가 아니겠지만 들어온 후에 같이 공존할 수 있느냐의 문제일 것입니다. 들어오는 건 물리적 방법이기 때문에 선별성을 가지기에 다소 힘든 면이 있습니다. Plasmid incompatibility에 관련된 문제인데 길게 설명드리는 것 보다 참고파일을 올리겠습니다. 또한 분자생물학 관련서적을 보시면 이와 관련된 얘기들이 나와 있습니다. >수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. > >1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 > - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... >2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요?
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    받아들이는 건 문제가 아니겠지만 들어온 후에 같이 공존할 수 있느냐의 문제일 것입니다. 들어오는 건 물리적 방법이기 때문에 선별성을 가지기에 다소 힘든 면이 있습니다. Plasmid incompatibility에 관련된 문제인데 길게 설명드리는 것 보다 참고파일을 올리겠습니다. 또한 분자생물학 관련서적을 보시면 이와 관련된 얘기들이 나와 있습니다. >수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. > >1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 > - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... >2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요?
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    조사연님의 답변

    2007-03-29
    • 0
    bacteria는 여러개의 plasmid를 동시에 받아들일 수 있습니다. 대표적인 예로 Song and Fields 방법을 써서 yeast two hybrid 실헝을 할 때 positive들을 bacteria에서 cloning해야 하는데 이때 서로 다른 plasmid (bait와 fish)가 동시에 들어가기 때문에 이들을 구분하는 방법을 써야 합니다. 자세한 내용을 보고싶으시면 Song and Fields 논문을 찾아 보시면 됩니다. >수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. > >1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 > - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... >2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요?
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    bacteria는 여러개의 plasmid를 동시에 받아들일 수 있습니다. 대표적인 예로 Song and Fields 방법을 써서 yeast two hybrid 실헝을 할 때 positive들을 bacteria에서 cloning해야 하는데 이때 서로 다른 plasmid (bait와 fish)가 동시에 들어가기 때문에 이들을 구분하는 방법을 써야 합니다. 자세한 내용을 보고싶으시면 Song and Fields 논문을 찾아 보시면 됩니다. >수년간 클로닝을 해 오면서도 아직도 답을 찾아보지 못한 질문 입니다. 누군가 대답해 주시면 고맙겠습니다. > >1. 우선 위의 질문이 정확한 사실인지 알고싶고 > - 실제로 competent cell들은 단지 한개의 plasmid만을 받아들이는지 아니면 여러개를 받아들일 수 도 이는지... >2. 단지 한개만을 받아들이는 것이 맞다면 어떠한 기작으로 그렇게 될 수 있을까요?
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