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2D-gel 을 silver staining 할 때 spot 이 투명하게 염색되요

2D-Gel 을 silver staining 하면 단백질 농도가 높은 spot 의 경우 가운데가 투명하게 염색이 됩니다. 단지 spot 짤라 maldi 분석하거나 할 때는 문제가 되지 않는데, sofrware 에서 spot intensity 를 계산하거나 spot 갯수를 예상하거나 할 때는 spot 으로 인식하지 않거나 intensity 가 굉장히 낮게 나와 문제가 됩니다. 어떻게 해결 할 수 있나요? 제가 사용하는 silver staining 방법은 다음과 같습니다. 1. Fixation 30 min Ethanol 200 ml Acetic acid 50 ml DW 500 ml 2. Sensitizing 30 min Ethanol 75 ml Sodium thiosulfate (5%) 0.5g Sodium acetate 17g DW 250 ml 3. Washing - DW 4. Silver reaction 20 min Silver nitrate 0.625g Formaldehyde (37%) 100 ul DW 250 ml 5. Washing - DW 6. Developing Sodium carbonate 6.25g Formaldehyde (37%) 100 ul DW 250 ml 7. Stop EDTA 3.65g DW 250 ml
  • 2D-PAGE
  • Silver staining
  • spot
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답변 1
  • 답변

    김성훈님의 답변

    단백질의 농도가 높아서 그런거라.... 디벨롭핑 시간을 짧게 하거나 단백질 양을 줄이는 수 밖엔 없을 것 같네요. 그럼...상대적으로 적은 양의 단백질은 거의 보이지 않을 수도 있지만... 여러번 반복해서 최적 시간을 찾아야 할 것 같네요.
    단백질의 농도가 높아서 그런거라.... 디벨롭핑 시간을 짧게 하거나 단백질 양을 줄이는 수 밖엔 없을 것 같네요. 그럼...상대적으로 적은 양의 단백질은 거의 보이지 않을 수도 있지만... 여러번 반복해서 최적 시간을 찾아야 할 것 같네요.
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