2007-05-21
org.kosen.entty.User@24369f43
배점일(behonest)
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제가 EST 활용 방법을 잘 몰라서 질문 드립니다.
제가 타겟으로 하는 한 gene이 있는데요.
조직별로 다르게 발현이 되는지 알고 싶습니다. 다시 말씀드리면, 발현레벨의 차이를 보고 싶은 것이 아니라, 조직별로 다른 형태의 isoform 이 발현되는지 알고 싶은데요. EST 정보로 그것이 확인 가능할까요?
아니면 어떻게 해야 할까요?
답변 부탁드리겠습니다.
- EST
- isoform
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
김범진님의 답변
2007-05-22- 0
일단, EST를 이용하여서 isoform을 찾기는 어렵습니다. isoform을 알려면 full-length sequence를 알아야되는데, 아시다시피 EST는 full-length sequence의 단편이기 때문에 EST만으론 유전자의 isoform을 확인할수없습니다. rough하게 찾는방법은, 우선 주어진 gene에대한 isoform을 찾기위해서, EST,mRNA,refseq등을 clustering한 gene model을 이용하여서 그유전자에 가능한 isoform을 찾은 다음, 그 isoform에 포함되어 있는 EST를 추출하고, 각 EST의 정보를 가지고 있는 dbEST에서 library정보를 이용하여서 해당 EST가 어떤 tissue에 포함되어 있는지 확인하고, 그리고 나서 해당 isoform의 tissue정보를 확인하여서 극명하게는 아니지만 tissue specific 한 isoform을 찾을수있을꺼같습니다. 아님,가장 정확한방법은 exon-chip을 찍는거죠. exon-chip은 유전자의 exon을 chip위에 올리고 똑같은 chip 몇개위에 각 tissue에서 뽑은 유전자들을 도포하여서, tissue별 exon의 형태를 확인할수 있습니다. >제가 EST 활용 방법을 잘 몰라서 질문 드립니다. > >제가 타겟으로 하는 한 gene이 있는데요. > >조직별로 다르게 발현이 되는지 알고 싶습니다. 다시 말씀드리면, 발현레벨의 차이를 보고 싶은 것이 아니라, 조직별로 다른 형태의 isoform 이 발현되는지 알고 싶은데요. EST 정보로 그것이 확인 가능할까요? > >아니면 어떻게 해야 할까요? > >답변 부탁드리겠습니다.