2007-06-18
org.kosen.entty.User@796025c5
박윤희(yhparkk)
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유전자 sequence promoter 부위를 넣으면 transcription factor들을 prediction하는 site 는 알고 있습니다.
그러면 거꾸로 어떤어떤종류의 transcription factor를 넣었을때 발현할 수 있는 gene을 찾아주는 web page가 있는지요,
생각으로는 있을거 같은데 예를 들면 AP-1 or Egr1 에 의해 작용하는 gene의 목록 같은 걸 알고 싶은데요.
알려주시면 너무나 감사하겠습니다.
- trnascription factor
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답변 1
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답변
Jungeui Hong님의 답변
2007-06-18- 0
>유전자 sequence promoter 부위를 넣으면 transcription factor들을 prediction하는 site 는 알고 있습니다. > >그러면 거꾸로 어떤어떤종류의 transcription factor를 넣었을때 발현할 수 있는 gene을 찾아주는 web page가 있는지요, > >생각으로는 있을거 같은데 예를 들면 AP-1 or Egr1 에 의해 작용하는 gene의 목록 같은 걸 알고 싶은데요. > >알려주시면 너무나 감사하겠습니다. MEME와 같은 motif prediction 사이트는 많이 있는 것으로 알고 있습니다. 그런데 많은 경우 통계적인 개념과 약간의 컴퓨터 프로그래밍이나 유닉스(리눅스)환경을 써야 하는 경우가 있어서 쉽게 활용하긴 좀 어려울지도 모르겠네요.. 위의 경우 어디까지나 전산적으로 예측하는 경우일 것이고 실제 실험데이터는 당연히 생물종마다 천차만별일 겁니다..제가 알기로 대장균(E.coli)의 TF-target gene 정보는 RegulonDB라는 사이트가 대표적인 곳이고 (실험적으로 증명된 것들임) 기타 Eukaryote의 경우는 실험적으로 대량으로 알려진 DB는 거의 없는 것으로 알고 있습니다. 혹시 좋은 사례가 있으시면 다른분들께서 좀 알려주시면 좋겠네요. 실험적으로 증명하려면 KO TF strain에서 induction시킨뒤 마이크로어레이 실험으로 한꺼번에 target gene들을 검증해볼 수 있을겁니다.