2007-08-03
org.kosen.entty.User@47c58fab
김중재(jjkaos)
- 5
미생물 type strain 의 16S rDNA sequence 를 이용하여 phylogenetic tree 를 그리려고 할 때
대상 미생물의 type strain 을 쉽게 확인하는 방법과 type strain 의 sequence 를 쉽게 획득하는 방법이 궁금합니다.
전 지금,
원하는 미생물 이름으로 type strain 을 검색 (http://www.bacterio.cict.fr/)해서
그 strain 의 16S rDNA sequence 를 NCBI 에서 다시 검색..
이런 식으로 하나 하나 일일이 왔다갔다하며 sequence 를 구하고 있습니다.
너무 무식한 방법 아닌가요?
type strain 으로 16S rDNA sequence 를 검색할 수 있는 곳은 없나요?
그리고, species 의 type strain 말고
genus 의 type species, family 의 type genus (이런 표현이 있는지는 모르겠지만) 가
어떤 strain 인지는 어떻게 알 수 있나요?
관련 사이트 추천해 주셔도 감사하겠습니다.
- 16S rDNA
- phylogenetic tree
- type strain
지식의 출발은 질문, 모든 지식의 완성은 답변!
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
답변 5
-
답변
김중재님의 답변
2007-08-04- 0
Ribosomal Database Project II 에서 제가 원한 기능들을 제공하는군요. http://rdp.cme.msu.edu/index.jsp 내 sequence 로 searching 이 되고, 결과의 quality 도 선별하여 display 되고, type strain 유무도 표시되고, 원하는 strain 의 16S rDNA sequence 도 선택하여 dataset 으로 저장할 수 있네요. 얌.. 제가 질문하고 제가 답변하였습니다. 죄송~ -
답변
김병용님의 답변
2007-08-06- 0
말씀 하신대로 그냥 RDP에서 찾는 것이 제일 좋습니다. 그런데 이 RDP가 조금 정교(?)하지 못해서 가끔 빠뜨리는 것도 많고, 최근 type은 올라와 있지도 않아서 결국은 다시한번 교정을 봐야 하더라구요. 결국은 원하는 속이나 종을 IJSEM에서 검색해서 그곳의 다른 논문에서 나와 있는 type들과 비교해야 할 겁니다. 참고하시길...^^ >미생물 type strain 의 16S rDNA sequence 를 이용하여 phylogenetic tree 를 그리려고 할 때 >대상 미생물의 type strain 을 쉽게 확인하는 방법과 type strain 의 sequence 를 쉽게 획득하는 방법이 궁금합니다. > >전 지금, >원하는 미생물 이름으로 type strain 을 검색 (http://www.bacterio.cict.fr/)해서 >그 strain 의 16S rDNA sequence 를 NCBI 에서 다시 검색.. >이런 식으로 하나 하나 일일이 왔다갔다하며 sequence 를 구하고 있습니다. > >너무 무식한 방법 아닌가요? > >type strain 으로 16S rDNA sequence 를 검색할 수 있는 곳은 없나요? > >그리고, species 의 type strain 말고 >genus 의 type species, family 의 type genus (이런 표현이 있는지는 모르겠지만) 가 >어떤 strain 인지는 어떻게 알 수 있나요? > >관련 사이트 추천해 주셔도 감사하겠습니다. > > > -
답변
김중재님의 답변
2007-08-06- 0
예전에는 잘 몰랐었는데, - 다른 사람들과 함께 일을 진행할 때는 사실 쉽게 논문을 만들 수 있는 재료라고 생각했었는데 - 혼자서 하려고 하다 보니 생각보다 쌩-노가다네요. 쩝.. IJSEM 에 발표된 strain 들을 통해 다시 한 번 교정을 봐야 한다니.. 것도.. 노다가군요.. 헐.. 답변 감사합니다. -
답변
김병용님의 답변
2007-08-07- 0
답변을 하나 놓쳤네요 http://www.bacterio.cict.fr 의 사이트에 가보면 각 family별 또는 genus별로 구분을 해 놓았는데, 맨위의 설명을 보면 그 family의 또는 그 genus의 type이 무엇인지 명시되어 있습니다. 새로운 속, 또는 종을 제안할 때는 반드시 type genus type specices와의 비교가 필수적입니다. 혹시 이 분야에 대해서 더많은 토론과 도움이 필요하다면 언제든지 쪽지주세요. 건승하시길...^^ >미생물 type strain 의 16S rDNA sequence 를 이용하여 phylogenetic tree 를 그리려고 할 때 >대상 미생물의 type strain 을 쉽게 확인하는 방법과 type strain 의 sequence 를 쉽게 획득하는 방법이 궁금합니다. > >전 지금, >원하는 미생물 이름으로 type strain 을 검색 (http://www.bacterio.cict.fr/)해서 >그 strain 의 16S rDNA sequence 를 NCBI 에서 다시 검색.. >이런 식으로 하나 하나 일일이 왔다갔다하며 sequence 를 구하고 있습니다. > >너무 무식한 방법 아닌가요? > >type strain 으로 16S rDNA sequence 를 검색할 수 있는 곳은 없나요? > >그리고, species 의 type strain 말고 >genus 의 type species, family 의 type genus (이런 표현이 있는지는 모르겠지만) 가 >어떤 strain 인지는 어떻게 알 수 있나요? > >관련 사이트 추천해 주셔도 감사하겠습니다. > > > -
답변
김중재님의 답변
2007-08-07- 0
질문했던 내용은 여러분들의 조언으로 대략 정리가 되어가고 있습니다. rdp site 에서 type strain 들에 대한 자료를 얻기는 참 좋은 것 같습니다. 말씀하신 대로 교정이 필요할지 모르지만... 처음 tree 를 그렸을 때 novel order 정도는 될 줄 알았던 것들이 있었는데 정리가 되어 가면서 점점 아래로 내려가네요. 지금은 novel genus 정도로 예상이 됩니다. 더 자세히 분석하면 species 까지 내려가 버릴지도 모르지만요.. 일을 진행하다가 궁금한 점이 있으면 쪽지 드리겠습니다. 물어 볼 사람이 있다는 것이 정말 감사하고 다행스럽습니다. ㅎㅎ 그럼, 하시는 일에도 “대박“ 나시기 바랍니다.