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지식나눔

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16s rRNA 와 16s rDNA ...........

2007-08-14 org.kosen.entty.User@7df6200b 박재일(jaeil7)
  • 4
만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? 질문이 있어요..^^ 1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? 2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? 3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 확인하나요? 4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? 5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. 아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. 여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호
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    박수제님의 답변

    2007-08-15
    • 0
    >만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? > --> 네 맞습니다. >질문이 있어요..^^ > >1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > --> 16S ribosoaml RNA gene의 경우 진화의 척도로 이용이 됩니다. Carl Woose, Norman Pace를 찾아보시면 될 것 같네요. 이건 brock microbiology 책에도 나옵니다. >2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? > --> 정통 미생물 생태학자(?) 는 16S rRNA gene이라고 명시합니다. 경우에 따라 reviwer 중에서는 16S rDNA가 머냐고 묻는 사람도 있죠.. >3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 > 확인하나요? > --> 16S rRNA gene, recA, amoA, ITS 등.. 상당히 많이 있습니다. >4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? > --> 시컨싱을 확인해야죠.. >5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. > 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. > --> IJSEM이라는 저널이 있습니다. 이걸 하루 날잡아서 쭉~~~ 읽으시면 도움이 되겠네요~~~ > > >아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 > >저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. > >여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호
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    >만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? > --> 네 맞습니다. >질문이 있어요..^^ > >1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > --> 16S ribosoaml RNA gene의 경우 진화의 척도로 이용이 됩니다. Carl Woose, Norman Pace를 찾아보시면 될 것 같네요. 이건 brock microbiology 책에도 나옵니다. >2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? > --> 정통 미생물 생태학자(?) 는 16S rRNA gene이라고 명시합니다. 경우에 따라 reviwer 중에서는 16S rDNA가 머냐고 묻는 사람도 있죠.. >3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 > 확인하나요? > --> 16S rRNA gene, recA, amoA, ITS 등.. 상당히 많이 있습니다. >4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? > --> 시컨싱을 확인해야죠.. >5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. > 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. > --> IJSEM이라는 저널이 있습니다. 이걸 하루 날잡아서 쭉~~~ 읽으시면 도움이 되겠네요~~~ > > >아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 > >저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. > >여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호
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    김중재님의 답변

    2007-08-17
    • 0

    첨부파일

    미생물의 분류와 동정에 관련된 자료를 몇 편 첨부합니다. 논문의 경우 파일을 업로드할 수 있지만, 인터넷에서 구한 별도의 자료들은 제가 제작한 자료가 아니라 파일을 올리기는 좀 그렇네요. 대신 링크를 올립니다. 다운받아 보시면 미생물의 분류와 동정에 대한 개념을 잡으시는데 도움이 되리라 판단됩니다. 그럼, 즐공하세요. http://www.cook.rutgers.edu/~dbm/taxonomy.pdf http://bio.kaist.ac.kr/~stlee/korean/ez2000/system/db/board/upload/43/1102932908/257,1,박사학위논문 Proposal 분자생물학적 방법을 이용한 신규 미생물 Kaistella koreensis gen. nov., sp. nov.의 명명 및 분류학적 연구 Polyphasic taxonomy of new genus Kaistella koreensis gen. nov., sp. nov. in Flavobacteriaceae http://lifescience.sogang.ac.kr/molmicro/MP/MP-L02.pdf http://rdp.cme.msu.edu/misc/about.jsp;jsessionid=32D7BBE1CDD312F1713DE1F140EAF650
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    미생물의 분류와 동정에 관련된 자료를 몇 편 첨부합니다. 논문의 경우 파일을 업로드할 수 있지만, 인터넷에서 구한 별도의 자료들은 제가 제작한 자료가 아니라 파일을 올리기는 좀 그렇네요. 대신 링크를 올립니다. 다운받아 보시면 미생물의 분류와 동정에 대한 개념을 잡으시는데 도움이 되리라 판단됩니다. 그럼, 즐공하세요. http://www.cook.rutgers.edu/~dbm/taxonomy.pdf http://bio.kaist.ac.kr/~stlee/korean/ez2000/system/db/board/upload/43/1102932908/257,1,박사학위논문 Proposal 분자생물학적 방법을 이용한 신규 미생물 Kaistella koreensis gen. nov., sp. nov.의 명명 및 분류학적 연구 Polyphasic taxonomy of new genus Kaistella koreensis gen. nov., sp. nov. in Flavobacteriaceae http://lifescience.sogang.ac.kr/molmicro/MP/MP-L02.pdf http://rdp.cme.msu.edu/misc/about.jsp;jsessionid=32D7BBE1CDD312F1713DE1F140EAF650
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    홍진성님의 답변

    2007-08-18
    • 0
    >만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? > >질문이 있어요..^^ > >1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > >2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? > >3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 > 확인하나요? > >4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? > >5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. > 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. > > > >아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 > >저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. > >여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호 다른부분은 여러부분을 참고하시면될것같아 첫번째질문에대해서만 잠시 언급드리겠습니다. 1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > --> 16S ribosoaml RNA gene의 경우 진화의 척도로 이용이 된다고하신분의 답변에 간단히 첨가하여 말씀드리자면 우선 모든생물의 경우 단백질합성에 있어서 중요한 요소중 하나가 리보솜(ribosome)인데 정교한 단백질을 만드는 이 리보솜에 문제가 생길경우 생체는 커다란 리스크를 안게 되겠지요.. 이러한 단백질 합성공장인 리보솜을 구성하는 성분의 하나인 ribsomal RNA인데 이부분에 변이가 생길정도이면 진화적(오랜세월에 있어 변화한것으로 추정할수있는)으로 상당한 영향이 있을거라는 생각이 듭니다. 그래서 많은 미생물의 변이를 확인하는데 있어서 이부분(ribosomal DNA)을 분석하고 있는것이라 생각합니다.
    답변수정
    >만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? > >질문이 있어요..^^ > >1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > >2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? > >3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 > 확인하나요? > >4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? > >5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. > 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. > > > >아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 > >저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. > >여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호 다른부분은 여러부분을 참고하시면될것같아 첫번째질문에대해서만 잠시 언급드리겠습니다. 1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > --> 16S ribosoaml RNA gene의 경우 진화의 척도로 이용이 된다고하신분의 답변에 간단히 첨가하여 말씀드리자면 우선 모든생물의 경우 단백질합성에 있어서 중요한 요소중 하나가 리보솜(ribosome)인데 정교한 단백질을 만드는 이 리보솜에 문제가 생길경우 생체는 커다란 리스크를 안게 되겠지요.. 이러한 단백질 합성공장인 리보솜을 구성하는 성분의 하나인 ribsomal RNA인데 이부분에 변이가 생길정도이면 진화적(오랜세월에 있어 변화한것으로 추정할수있는)으로 상당한 영향이 있을거라는 생각이 듭니다. 그래서 많은 미생물의 변이를 확인하는데 있어서 이부분(ribosomal DNA)을 분석하고 있는것이라 생각합니다.
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    김병용님의 답변

    2007-08-24
    • 0
    대부분은 앞에서 설명해 주신 분들이 매우 설명을 잘 해주시어 답변으로 충분한데.. 16S에 대해서 몇가지 소견을 말씀드리면 16S rRNA는 rDNA의 전사물이죠. 보다 정확하게 말씀드리면 Small subunit Ribosome의 구성체는 16S rDNA가 아니라 16S rRNA 입니다. 과거에는 구분없이 썼었고 지금도 많은 분들이 그렇게 사용하지만, 국제 저널에서는 16S rRNA를 사용하기로 결정하였습니다. 이것을 진화적 도구로 쓰는 것은 앞선 설명에 있구요. 더 보태면 Sequencing이 편하고 (요즘은 primer 두개만 있어도 충분하지요) 또한 이미 많은 미생물의 자료가 database화 되어 있어 비교가 용이하다는 장점을 가지고 있습니다. 한마디로 박테리아 동정의 표준이 되어 버린 셈이지요. 2006년도에 한남대 박진숙 교수님과 목원대 황경숙 교수님의 “미생물 분류 동정법“이라는 번역서가 나와 있습니다. 책이 매우 쉬우면서도, 그림도 많아 초보 연구자들은 물론이고 기존 연구자들도 좋은 실험 지침서가 되리라 생각됩니다. 도움이 되시길... >만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? > >질문이 있어요..^^ > >1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > >2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? > >3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 > 확인하나요? > >4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? > >5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. > 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. > > > >아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 > >저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. > >여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호
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    대부분은 앞에서 설명해 주신 분들이 매우 설명을 잘 해주시어 답변으로 충분한데.. 16S에 대해서 몇가지 소견을 말씀드리면 16S rRNA는 rDNA의 전사물이죠. 보다 정확하게 말씀드리면 Small subunit Ribosome의 구성체는 16S rDNA가 아니라 16S rRNA 입니다. 과거에는 구분없이 썼었고 지금도 많은 분들이 그렇게 사용하지만, 국제 저널에서는 16S rRNA를 사용하기로 결정하였습니다. 이것을 진화적 도구로 쓰는 것은 앞선 설명에 있구요. 더 보태면 Sequencing이 편하고 (요즘은 primer 두개만 있어도 충분하지요) 또한 이미 많은 미생물의 자료가 database화 되어 있어 비교가 용이하다는 장점을 가지고 있습니다. 한마디로 박테리아 동정의 표준이 되어 버린 셈이지요. 2006년도에 한남대 박진숙 교수님과 목원대 황경숙 교수님의 “미생물 분류 동정법“이라는 번역서가 나와 있습니다. 책이 매우 쉬우면서도, 그림도 많아 초보 연구자들은 물론이고 기존 연구자들도 좋은 실험 지침서가 되리라 생각됩니다. 도움이 되시길... >만약 새로운 미생물을 발견하면 그 미생물이 어떤 종,속 에 속하고 이름이 뭔지를 알려고 하면 16s rDNA를 확인 한다고 하는데 맞아요?? > >질문이 있어요..^^ > >1. 왜 미생물을 규명할때 16s rDNA 를 확인하는거에요? > >2. 16s rRNA 와 16s rDNA가 뭐에요? > >3. dynamics population 확인에 16s rRNA나 16s rDNA둘중에 보통 아무거나 > 확인하나요? > >4. 16s rRNA 와 16s rDNA는 대충 어떻게 확인하는건가요? > >5. 미생물 분리 동정을 시작할려고 합니다. > 여기에 관련된 원서 또는 한글책 어떤걸 보면 좋을지 책을 추천좀 부탁드립니다. > > > >아주 기초적인 질문이지만 답변을 해주시는 분이 계시다면 > >저에게는 아주큰 도움이 될거같아요. > >여쭈어볼분이 있어서 행복합니다.^^호호
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