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지식나눔

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PCR primer 에서 delta G 값이 어느정도여야 self dimer 나 hetero dimer에 대한 걱정이 없는건가요?

2007-08-28 org.kosen.entty.User@d997f48 유용규(abiho)
  • 1
PCR primer 에서 delta G 값이 어느정도여야 self dimer 나 hetero dimer에 대한 걱정이 없는건가요?
  • primer
  • delta G
  • dimer
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답변 1
  • 답변

    김윤상님의 답변

    2007-10-11
    • 0

    첨부파일

    delta G나 Tm 어느 한 가지만을 고려해서 판단하기는 곤란하고, 이 두 가지 모두 고려해야 합니다. 저는 일단 Tm을 우선적으로 고려해서 primer를 design한 다음, 아래 Sigma에서 제공하는 “DNA Calculator“ site를 이용해서 primer들을 검사했었습니다. http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp 물론, Primer 3를 이용하기도 했었구요. http://frodo.wi.mit.edu/ 지금은 Clone Manager라는 프로그램을 이용해서 Primer들을 디자인하고 있습니다. 이들 값이 얼마나 되면 문제가 없느냐는 접근보다는 하시려는 실험을 고려하여 때로는 strict하게, 때로는 relaxed하게 사용하셔야 합니다. 다른 선택의 여지가 없으면, 위험을 감수하고서라도 좋지 않은 primer를 사용할 수밖에요... 첨부한 논문을 참조하시면, delta G와 Tm에 대한 정보를 얻으실 수 있습니다.
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    delta G나 Tm 어느 한 가지만을 고려해서 판단하기는 곤란하고, 이 두 가지 모두 고려해야 합니다. 저는 일단 Tm을 우선적으로 고려해서 primer를 design한 다음, 아래 Sigma에서 제공하는 “DNA Calculator“ site를 이용해서 primer들을 검사했었습니다. http://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp 물론, Primer 3를 이용하기도 했었구요. http://frodo.wi.mit.edu/ 지금은 Clone Manager라는 프로그램을 이용해서 Primer들을 디자인하고 있습니다. 이들 값이 얼마나 되면 문제가 없느냐는 접근보다는 하시려는 실험을 고려하여 때로는 strict하게, 때로는 relaxed하게 사용하셔야 합니다. 다른 선택의 여지가 없으면, 위험을 감수하고서라도 좋지 않은 primer를 사용할 수밖에요... 첨부한 논문을 참조하시면, delta G와 Tm에 대한 정보를 얻으실 수 있습니다.
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