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지식나눔

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Gene Doc 사용에 관한 질문 Statistics report 에 나오는.........

2007-09-18 org.kosen.entty.User@2d3e8a96 이광렬(intel444)
  • 1
Gene Doc 사용시 .. 여러종의 세균 유래의 아미노산으로 분석중에 report 에서 statistic report 에서 나온 수치는 뭘 의미하는 거지요?
  • Gene Doc
  • align
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답변 1
  • 답변

    김윤상님의 답변

    2007-09-19
    • 0
    첫번째 숫자는 비교가 되는 두 단백질 중에서 정확하게 일치한 아미노산의 갯수를 나타내는 숫자입니다. 두번째 숫자는 유사한 아미노산이나 보존적으로 치환된 것까지 포함했을 때 아미노산의 숫자를 나타냅니다. 따라서, 첫번째 숫자보다 대개 커집니다. 세번째 숫자는 gap을 나타냅니다. 참고로, Help에 서술된 내용을 아래에 첨부합니다. (help menu에서 그냥 cut and paste 한 겁니다.) -------------------------------------------------------------------- Statistics report (Reports menu ) This function creates a project.sta file that holds statistics describing the relationships between pairs of sequences. Each sequence is compared to every other sequence and three numbers are generated. 1: The number of residues that match exactly (identical residues) between the two sequences. 2: The number of residues whose juxtaposition yields a greater than zero score in the current scoring table (similar residues or conservative substitutions). 3: The number of residues lined up with a gap character. Each number is expressed as a count and as percentage on different sides of the matrix diagonal. The diagonal shows how many locations have at least one residue for the single sequence, i.e., the sequence length. The statistics reports are only updated on command, so if you make any residue arrangements, you will have to regenerate the statistics report. .
    답변수정
    첫번째 숫자는 비교가 되는 두 단백질 중에서 정확하게 일치한 아미노산의 갯수를 나타내는 숫자입니다. 두번째 숫자는 유사한 아미노산이나 보존적으로 치환된 것까지 포함했을 때 아미노산의 숫자를 나타냅니다. 따라서, 첫번째 숫자보다 대개 커집니다. 세번째 숫자는 gap을 나타냅니다. 참고로, Help에 서술된 내용을 아래에 첨부합니다. (help menu에서 그냥 cut and paste 한 겁니다.) -------------------------------------------------------------------- Statistics report (Reports menu ) This function creates a project.sta file that holds statistics describing the relationships between pairs of sequences. Each sequence is compared to every other sequence and three numbers are generated. 1: The number of residues that match exactly (identical residues) between the two sequences. 2: The number of residues whose juxtaposition yields a greater than zero score in the current scoring table (similar residues or conservative substitutions). 3: The number of residues lined up with a gap character. Each number is expressed as a count and as percentage on different sides of the matrix diagonal. The diagonal shows how many locations have at least one residue for the single sequence, i.e., the sequence length. The statistics reports are only updated on command, so if you make any residue arrangements, you will have to regenerate the statistics report. .
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