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지식나눔

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paraformaldehyde에 고정 시켜 놓았던 조직에서 RNA 분리가 가능할까요?

2007-10-19 org.kosen.entty.User@4aa57b4b 박세아(ssehaa)
  • 2
paraformaldehyde에 고정 시켜 놓았던 조직에서 RNA 분리가 가능할까요?
  • paraformaldehyde
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답변 2
  • 답변

    김윤상님의 답변

    2007-10-19
    • 0

    첨부파일

    첨부한 URL 사이트를 보시면, Ambion 에서 제공하는 kit 가 있습니다. 하지만, 여전히 RNA의 quality가 문제가 될 것 같습니다. 어떤 RNA를, 어떤 목적으로 얻고자 하시는지에 따라서, 쉬울 수도 있고, 어려울 수도 있습니다. 아래 링크에 보시면 아시겠지만, Ambion 회사에서 정리해 놓은 “Top Ten Challenges for RNA Isolation“ 리스트 중 하나에 속합니다. http://www.ambion.com/techlib/tn/142/15.html 첨부한 논문은 “Gene expression patterns in rat dentate granule cells: comparison between fresh and fixed tissue“ 라는 제목의 논문인데, 참조하시면 도움이 될 겁니다.
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    첨부한 URL 사이트를 보시면, Ambion 에서 제공하는 kit 가 있습니다. 하지만, 여전히 RNA의 quality가 문제가 될 것 같습니다. 어떤 RNA를, 어떤 목적으로 얻고자 하시는지에 따라서, 쉬울 수도 있고, 어려울 수도 있습니다. 아래 링크에 보시면 아시겠지만, Ambion 회사에서 정리해 놓은 “Top Ten Challenges for RNA Isolation“ 리스트 중 하나에 속합니다. http://www.ambion.com/techlib/tn/142/15.html 첨부한 논문은 “Gene expression patterns in rat dentate granule cells: comparison between fresh and fixed tissue“ 라는 제목의 논문인데, 참조하시면 도움이 될 겁니다.
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  • 답변

    장성재님의 답변

    2007-10-21
    • 0
    먼저 김박사님께서 자세한 설명과 자료를 주셨는데 몇가지 첨부해보도록 하죠. 일단, paraformaldehyde로 고정한 조직이나 세포에서 RNA를 분리하는 것은 가능합니다. 그러나, 김박사님께서 언급하신 것 처럼 실험의 목적에 맞추어 실험을 계획하시는 것이 중요합니다. 대개 병원과 연계된 연구실의 경우 인체 조직의 샘플이 대량으로 deep-freezer나 액체 질소 탱크에 보관되어 있는 경우가 많습니다. 그것들을 이용해서 많은 연구에 이용할 수도 있겠죠. 그 대신 문제가 되는 것이 고정화 당시의 paraformaldehyde나 paraffine의 제거가 문제가 되며, RNA나 DNA 그리고 단백질들의 recovery 효율이 문제가 될 수 있습니다. 최근에 기술들의 발달로 많이 개선되었지만 최적의 조건을 잡기 위해서는 여러 가지 인자들이 존재한답니다. 우선, 실험의 목적이 같은 조건으로 고정화 처리한 샘플에 대한 비교 검토라면 현재 시판되어 있는 키트 등을 이용하셔도 무리가 없을 것으로 보입니다. 혹시 조직이나 세포의 분리, 고정화에서부터 실험을 계획하고 계시다면 여러 가지 고정화 방법이나 보존 등의 조건을 비교, 검토하셔서 최적의 조건을 결정하시고 실험을 진행하시는 것이 좋습니다. 예를 들면, paraformaldehyde로 고정화시킨 경우 reverse transcription (RT) 반응에는 oligo-dT보다는 random primer를 이용한다거나, 열처리 등으로 RT 반응의 효율을 올리거나, 고정화에 paraformaldehyde가 아닌 ethanol을 이용하는 등의 조절이 필요하답니다.
    답변수정
    먼저 김박사님께서 자세한 설명과 자료를 주셨는데 몇가지 첨부해보도록 하죠. 일단, paraformaldehyde로 고정한 조직이나 세포에서 RNA를 분리하는 것은 가능합니다. 그러나, 김박사님께서 언급하신 것 처럼 실험의 목적에 맞추어 실험을 계획하시는 것이 중요합니다. 대개 병원과 연계된 연구실의 경우 인체 조직의 샘플이 대량으로 deep-freezer나 액체 질소 탱크에 보관되어 있는 경우가 많습니다. 그것들을 이용해서 많은 연구에 이용할 수도 있겠죠. 그 대신 문제가 되는 것이 고정화 당시의 paraformaldehyde나 paraffine의 제거가 문제가 되며, RNA나 DNA 그리고 단백질들의 recovery 효율이 문제가 될 수 있습니다. 최근에 기술들의 발달로 많이 개선되었지만 최적의 조건을 잡기 위해서는 여러 가지 인자들이 존재한답니다. 우선, 실험의 목적이 같은 조건으로 고정화 처리한 샘플에 대한 비교 검토라면 현재 시판되어 있는 키트 등을 이용하셔도 무리가 없을 것으로 보입니다. 혹시 조직이나 세포의 분리, 고정화에서부터 실험을 계획하고 계시다면 여러 가지 고정화 방법이나 보존 등의 조건을 비교, 검토하셔서 최적의 조건을 결정하시고 실험을 진행하시는 것이 좋습니다. 예를 들면, paraformaldehyde로 고정화시킨 경우 reverse transcription (RT) 반응에는 oligo-dT보다는 random primer를 이용한다거나, 열처리 등으로 RT 반응의 효율을 올리거나, 고정화에 paraformaldehyde가 아닌 ethanol을 이용하는 등의 조절이 필요하답니다.
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