2007-11-13
org.kosen.entty.User@d622187
박경인(suvha)
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단백질 공부를 하다가 잘 모르겠는게 있어어요..
부끄럽지만 질문해 봅니다~;;
아미노산 구조에서 n-terminal(NH2)이 있고 c-terminal(COOH)이 있고.. 뭔지는 알겠는데
n-terminal sequecing과 c-terminal sequencing은
단백질을 읽는 것 같고 각각 다른 분석같은데..
둘이 어떻게 다른지, 왜 읽는지 잘 모르겠어요~
- c-terminal
- n-terminal
- sequencing
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답변 1
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답변
최기섭님의 답변
2007-11-13- 0
1. 단백질은 아미노산이 여러개 연결된 구조니까 연결하다 보면 양쪽 끝이 N-terminal과 C-terminal이 되죠. 2. [NH3-(1)-(2)-(3).....(198)-(199)-COOH] 이렇게 구성된 단백질이 있다면 왼쪽부터 sequencing하는 것이 N-terminal sequencing이고 오른쪽 부터 하는 것이 C-terminal sequencing 입니다. 3. 왜 하는가?: DNA sequence만 같다고 단백질이 sequence가 같다고 할 수가 없습니다. transcription과 translation에서의 변수가 많기 때문에요. 그래서 sequencing을 한다고 할 수 있구요. Protein 자체의 characterization때문입니다. 실제로 N-term과 C-term의 amino acid sequence를 알아야 우리가 원하는 protein인지를 알수 있기 때문입니다. 물론 whole sequencing을 하면 좋겠지만 시간, 경제성, 기술등의 이유로 간단한 chracterization을 파악하기 위해서는 N-term과 C-term의 10~20개 정도를 분석합니다. N-terminal은 Edman degradation법으로 하나씩 amino acid를 잘라서 HPLC로 분석을 하구요. N-terminal이 blocking 됐다면, protease(trypsin)로 잘라 internal sequencing을 하거나 C-terminal sequencing을 합니다. C-terminal sequencing은 두가지 방법이 있습니다. C-terminal sequencer를 사용하거나, carboxy peptidase (CPY)로 잘라 MALDI-TOF로 분석하는 방법이 있습니다. C-terminal sequencer는 N-terminal sequencing하고 다르게 많은 양의(500 pmol 필요; recombinant protein이 아니면 얻기 어렵지 않을까요?) 시료가 필요합니다. 각각의 자세한 내용은 google에서 N-terminal sequencing으로 검색하면 볼 수 있는 한글로 된 Q/A들을 참고하시구요. Sequencer를 판매하는 곳도 있으니, 회사 홈피에 기기의 기술적인 장점들을 볼 수 있을 겁니다.