2007-12-14
org.kosen.entty.User@69d9926b
김윤진(mmarigold)
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안녕하세요
저는 전사인자를 가지고 실험을 하고 있는데요 chip on chip을 통하여 대량으로 검출한 다음 몇개의 gene을 선정하여 전사활성에 대하여 실험하고 있습니다.
그런데 그중 하나의 gene이 ncbi에서 검색을 하면 “.......was permanently suppressed because it is a nonsense-mediated mRNA decay (NMD) candidate“이라고 빨간색으로 문구가 뜨더라고요..
이런경우 이 gene은 어떤 것인가요? NMD에 대하여 리뷰를 좀 보긴 하였는데 정상적이지 않게 stop codon이 나와 degradation 되는 것이라는 거 정도밖에 이해하지 못하였습니다.;;
분화하는 세포에서 RT-PCR도 해보았는데 분화 초기에는 발현하지 않다가 이후 분화가 진행되면 몇일간 점점 발현양이 증가하는 패턴을 보였는데 잘못된 gene이라 빨리 degration되는 pathway로 가는 것으로 이해한 것과는 또 차이를 보이는 것같아 혹시 이쪽에 대해 잘 알고 계신 분이 계시면 여쭙고자 글을 올립니다.
제가 아직 공부한지 얼마되지않아 지식이 짧습니다. 쉽게 설명해주시고 이 gene을 target으로 잡고 계속 실험해도 되는 것인지 조언을 해주시면 정말 감사하겠습니다.
추운데 모두 건강하시고 연구 잘되시길 빌겠습니다.
- nmd
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
장성재님의 답변
2007-12-17- 0
님께서 발견하신 유전자가 NMD에 참여하는 인자가 아니라 NMD의 타겟이 되는 즉, 금방 분해되어 버리는 것이라면 현재로써는 연구의 대상으로 삼기에 연구 방법 등 접근하시기가 어렵지 않을 까 싶네요. 최근 intron 부분의 유전자 시퀀스가 중요한 역할을 하고 있다는 보고들도 있지만, 스크리닝을 통하여 발견하신 다른 유전자 쪽으로 방향을 전환하시는 편이 나을 듯 싶군요. 계속 진행하시길 원하신다면 좀더 인간이나 포유류가 아닌 하등 생물계에서 님께서 발견하신 유사한 인자들이 존재하는지 또는 연구되고 있는지를 검색해보시길 바랍니다. 그냥 시간을 낭비하는 것 보단 차근차근 접근해 나가는 것이 좋을 듯 싶군요.