2007-12-17
org.kosen.entty.User@616ebecb
차영록(youngcha)
- 3
참고로 FPLC는 처음사용해 보고 단백질 분석도 처음입니다.
발효여액 중의 단백질 분석을 위해 FPLC로 측정을 시도하고 있습니다.
FPLC는 AKTA FPLC를 사용하고 있습니다.
겔필터 컬럼(3k - 70k)을 사용하구 있구요.
보유하고 있는 필터가 30k짜리가 있어서
셀타운시킨 다음 이것으로 필터링하여 injection해 보았습니다.
현재는 발효 시간에 따라 단백질 프로파일이 어떻게 변화는지 정도만 보고 있는데요.
중요한 피크별로 Fraction을 받아서 무슨 단백질인지 알아보고 싶거든요?
TLC 나 전기영동 등으로 분리를 해 볼 수 있다고 하는데,
이것도 해 보지 않아서 막연하여 문의드립니다.
단백질의 종류(분리)및 정량을 위해서 가능한 방법을 소개 주신다면 감사하겠습니다.
(좀 포괄적이기는 하지만...)
감사합니다.
- 발효여액
- 단백질분석
- FPLC
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 3
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답변
박재봉님의 답변
2007-12-18- 0
>참고로 FPLC는 처음사용해 보고 단백질 분석도 처음입니다. > >발효여액 중의 단백질 분석을 위해 FPLC로 측정을 시도하고 있습니다. > >FPLC는 AKTA FPLC를 사용하고 있습니다. >겔필터 컬럼(3k - 70k)을 사용하구 있구요. >보유하고 있는 필터가 30k짜리가 있어서 >셀타운시킨 다음 이것으로 필터링하여 injection해 보았습니다. > >현재는 발효 시간에 따라 단백질 프로파일이 어떻게 변화는지 정도만 보고 있는데요. > >중요한 피크별로 Fraction을 받아서 무슨 단백질인지 알아보고 싶거든요? > >TLC 나 전기영동 등으로 분리를 해 볼 수 있다고 하는데, >이것도 해 보지 않아서 막연하여 문의드립니다. > >단백질의 종류(분리)및 정량을 위해서 가능한 방법을 소개 주신다면 감사하겠습니다. >(좀 포괄적이기는 하지만...) > >감사합니다. 미생물 발효에 따른 단백질 발현 변화를 보시려는 것 같습니다. 우선 FPLC만 가지고 단백질 profile을 볼 수는 있으나 너무 많은 단백질들이 한 fraction에 나옵니다. 따라서 어떤 단백질인지 동정하기 쉽지 않습니다. 각 fraction 마다 SDS-PAGE 나 이차 전기영동을 하여 단백질 들을 Madi-Mass 방법으로 동정을 맡기시는 게 좋을 듯 합니다. 특정 단백질을 정제하려면 gel-filtration후 다른 coulumn을 더 걸어서 순차적으로 정제해 나가야 합니다. 에를 들어 ion-exchage (DEAE, CM-coulumn), phenyl-sepharose, affinity column등 입니다. -
답변
유용규님의 답변
2007-12-18- 0
nowherelif님의 의견처럼 하시는 것이 좋을 듯 합니다. 미생물의 생육과 관련된 실험에서 단백질의 pattern 변화를 볼때 nowherelif님 의 방법도 많이 사용하는걸로 알고 있습니다. 그리고 2D로 전개하는 것이 좋을 듯하네요... 발효시점에 따라서 단백질 스팟의 변화를 육안적으로 볼 수 있기 때문에 목표단백질의 선별에도 용이할 듯합니다. 아래의 논문은 미생물 생육단계에서 단백질들의 발현양상을 관철한건데.... 이걸 찾아서 보셔도 도움이 되실듯 합니다. Proteomics. 2006 Feb;6(4):1274-82. Proteomic analysis of growth phase-dependent proteins of Streptococcus pneumoniae.Lee KJ, Bae SM, Lee MR, Yeon SM, Lee YH, Kim KS. Division of Bacterial Respiratory Infections, Department of Microbiology, National Institute of Health, Korea Center for Diseases Control and Prevention, Eunpyung-Ku, Seoul, Korea. -
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장성재님의 답변
2007-12-18- 0
님의 말씀처럼 너무 브로드하게 실험에 임하고 계시는 듯 하네요. 좀더 구체적으로 실험의 목적과 그에 알맞는 방법 등을 검토하시는 편이 좋을 듯 싶군요. 발효쪽으로 전문가이신 것 같은데, 어떤 균을 사용하시는 지? 목적이 되는 발효 산물은 어떤 것인지....아니면 단순히 배양 과정 중의 미생물 단백질의 변화를 보고 싶으신 건지? 배양 조건에 따른 변화를 보고 싶으신 것 인지? 아니면 단지 FPLC를 이용하여 단백질의 분석을 시도해 보고 싶으신 것인지? 두 가지 조건의 비교 실험을 위하신다면 SDS-PAGE 전기영동으로 확인이 가능하실 수도 있겠습니다...전반적인 패턴의 변화를 눈으로 확인 하실 수 있으니...좀더 자세히 어떤 단백질이 변화 하였나를 알아보시기 위해서는 2D-Electrophoresis를 통하여 좀더 세분하신 후 스팟을 겔로부터 분리하여 Mass spectrometer, protein sequencer를 이용하여 분석을 하시면 타겟 단백질을 indetify하실 수 있을 겁니다. 물론 하나씩 하나씩 접근해 나가는 것이지요. 우선 목적을 잡으시고 천천히 방법론적인 접근을 꾀하시는 것이 좋을 듯 싶네요. 요즘은 인터넷을 통하여 원하시는 자료는 거의 손에 넣으실 수 있을 테니....방법론적인 것은 천천히.....^^