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지식나눔

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bisulfite-treated gDNA를 Nested PCR 하면 밴드가 끌립니다.

2007-12-31 org.kosen.entty.User@589e79bc
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PCR condition 1st 95'c 5min, [95'c 45sec, 48'c 2min, and 72'c 30sec]=5 cycles, [95'c 30sec, 50'c 45sec, and 72'c 30sec]= 40 cycles, 72'c 5min, 4'c. Product size : 500bp 2nd 95'c 5min, [95'c 30sec, 50'c 90sec, and 72'c 60sec]= 40 cycles, 72'c 5min, 4'c. Product size : 210bp 2nd (inner) primer로만 PCR하면 맞는 size의 밴드는 잘뜨는데 sequencing 해 보면 non-specific sequence가 많습니다. 원래 gDNA sequence 에 맞는 primer로 해보면 잘뜨는데 말이죠.-.-
  • bisulfite genomic sequencing
  • Nested PCR
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답변 1
  • 답변

    김정민님의 답변

    2008-01-04
    • 0
    2nd PCR primer를 새로 디자인 하는것이 좋겠습니다. Bisulfite 처리된 시료이므로, primer annealing이 잘 안될수 있습니다.
    답변수정
    2nd PCR primer를 새로 디자인 하는것이 좋겠습니다. Bisulfite 처리된 시료이므로, primer annealing이 잘 안될수 있습니다.
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