2008-02-16
org.kosen.entty.User@7e8798da
박경인(suvha)
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단백질의 N-terminal sequencing은 왜 하는 건가요?
원리가 뭔지 궁금합니다.
그리고 N-terminal sequencing할 때 아미노산 읽을 때
cleavage site에서 부터 읽혔는데
cleavage site라는게 뭔지 감은 오는데
뭐라고 정의 내리는게 힘든데 무엇인가요?
- cleavage site
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답변 1
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답변
이영삼님의 답변
2008-02-17- 0
>단백질의 N-terminal sequencing은 왜 하는 건가요? >원리가 뭔지 궁금합니다. >그리고 N-terminal sequencing할 때 아미노산 읽을 때 >cleavage site에서 부터 읽혔는데 >cleavage site라는게 뭔지 감은 오는데 >뭐라고 정의 내리는게 힘든데 무엇인가요? N-terminal sequencing 은 단백질이 어떤 단백질인지 확인 (identification)하기 위해서 쓰는 방법입니다. 지금은 질량분석기를 이용한 방법이 많이 쓰이고 있지만 몇 년전까지만 해도 정제된 단백질이 무엇인지 확정할 수 있는 거의 유일한 방법이었습니다. 자세한 내용은 http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_sequencing 이나 Edman Sequencing, Edman Degradation등의 키워드로 자료를 찾아보시고요. 대부분의 생화학 교과서에서도 원리는 다루고 있습니다. 간단히 말하면, Phenylisothiocyanate라는 화학물질로 N-Terminal을 라벨링한 후에 적절한 조건 (산성, 고온)으로 처리하면 N-터미널 끝의 아미노산만 떨어져 나옵니다. 이렇게 떨어져 나온 아미노산이 무엇인지를 여러 분석법 (크로마토그래피 등)으로 확인합니다. 그 후, 나머지 단백질을 같은 방법으로 처리하면, N-terminal에서 두번째 아미노산, 세번째 아미노산, 이런 식으로 확인해 갈 수 있습니다. 보통은 최소 6개 정도를 읽어내고, 이 시퀀스를 가지고 데이터베이스와 비교해 보면 무슨 단백질인지를 알 수 있습니다. N-terminal 시퀀싱을 했을 때, Cleavage Site 부터 읽히는 경우는 보통 그 단백질이 세포에서 가수분해 효소에 의해서 가공된 상태로 존재하기 때문인 경우가 많습니다. DNA 염기서열 상으로 보면 1-2-3-4-5-...이런 식으로 단백질 시퀀스가 되어야하는데, 단백질을 정제해서 분석하면 5-6-7-... 이런식으로 N-터미널의 아미노산 몇개가 잘라져 나가는 경우가 많이 발견됩니다. 일단은 단백질이 1-2-3-4-5..식으로 발현된 다음에 가수분해효소에 의해서 앞부분이 잘라져 나가는 것입니다. 보통 세포 외부에 존재하는 단백질 (extracellular protein)들의 경우에 흔히 보이고요, eukaryotic cell들의 세포 내 단백질의 경우도 N-terminal metionine 이 가수분해되는 경우가 흔히 발견됩니다.