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질문1. 만약 하수슬러지에서 분리해 낸 균의 16S rRNA 분석후 Blast 결과가 기존의 알려진 균과의 Identity가 97%이하 일때 이때 분리한 균은 완전히 새로운 균이라고 확답은 하지 못하지만 어느정도는 새로운 균이라고 생각할수 있을것입니다. 더 확실히 밝히기 위해서 Nucleotide-Mucleotide hybridization(70% 이하) 같은 다른 동정 방법을 추가 하는 거죠. 그래서 질문입니다. 이같은 경우 즉. 분리해낸 균의 search 결과가 일반적으로 97%이하일 경우에 새로운 균주로 생각할수 있으니까 이 균주의 계통(genus,species)을 알기 위해서 16S rRNA sequencing을 하고 alignment를 해서 MEGA같은걸로 Phylogenetic tree를 그리는것 아닙니까? 즉. 새로운(신규) 균주가 계통학적으로 어디에 속하는지를 알기위해 Phylogenetic tree를 그리는거 맞죠? --> 보통 novel genus냐 novel species 냐가 중요한 건데, 보통 16S rRNA gene full sequencing 후 blast 결과 다른 유사한 균과 97% 정도면 novel species라고 여깁니다. 그 이하는 novel genus 겠죠. 이중 novel species일 경우에는 DDH(DNA-DNA hybridization)을 진행하게 됩니다. DDH 결과 70% 미만이라면 novel speices라는 것이 증명이 되지만.. 제 경험상 40% 이상 나온 적은 거의 없습니다. 하여 MEGA 등으로 phylogenetic tree를 그리게 되면 말씀하신 것처럼 신균주에 대한 phylogenetic position을 알 수 있습니다. 질문2. 제가 분리동정한 균은 16S rRNA 시퀀싱해서 Blast search 결과가 위의 Enterobacter sp. YRL01, Citrobacter sp. F5-4 2개균주 였고 모두 Identities가 99% 였습니다. 이같은 경우는 분리동정한 균2개가 각각Enterobacter sp. YRL01, Citrobacter sp. F5-4 라고 봐도 문제가 없다고 생각합니다. 그런데 이걸 가지고 Phylogenetic tree를 그리는게 말이 되나요? 질문1과 비슷한 질문인거 같네요. 새로운 균주를 분리 동정 했을때만 Phylogenetic tree를 그리는게 아닌가요? --> 그리는 것은 문제가 없죠. 단지 results and discussion에 기존에 나왔던 것와 똑같다. 라는 말 밖에는 할 말이 없지만요....

>질문1. 만약 하수슬러지에서 분리해 낸 균의 16S rRNA 분석후 Blast 결과가 기존의 알려진 균과의 Identity가 97%이하 일때 이때 분리한 균은 완전히 새로운 균이라고 확답은 하지 못하지만 어느정도는 새로운 균이라고 생각할수 있을것입니다. 더 확실히 밝히기 위해서 Nucleotide-Mucleotide hybridization(70% 이하) 같은 다른 동정 방법을 추가 하는 거죠. >그래서 질문입니다. 이같은 경우 즉. 분리해낸 균의 search 결과가 일반적으로 97%이하일 경우에 새로운 균주로 생각할수 있으니까 이 균주의 계통(genus,species)을 알기 위해서 16S rRNA sequencing을 하고 alignment를 해서 MEGA같은걸로 Phylogenetic tree를 그리는것 아닙니까? >즉. 새로운(신규) 균주가 계통학적으로 어디에 속하는지를 알기위해 Phylogenetic tree를 그리는거 맞죠? -> 앞서 pgpoch 님께서 잘 설명해 주셨지만, 뱀발을 달아 봅니다. 말씀하신 것 처럼 새로운 종 (또는 속)으로 예상될 경우 tree 를 그려서 내가 분리한 미생물이 어느 미생물 군에 속한다라는 것을 보이기도 하지만, 역설적으로 내가 분리한 미생물이 새로운 미생물이다 라는 것을 의미하기도 하죠. >질문2. 제가 분리동정한 균은 16S rRNA 시퀀싱해서 Blast search 결과가 위의 Enterobacter sp. YRL01, Citrobacter sp. F5-4 2개균주 였고 모두 Identities가 99% 였습니다. 이같은 경우는 분리동정한 균2개가 각각Enterobacter sp. YRL01, Citrobacter sp. F5-4 라고 봐도 문제가 없다고 생각합니다. 그런데 이걸 가지고 Phylogenetic tree를 그리는게 말이 되나요? 질문1과 비슷한 질문인거 같네요. 새로운 균주를 분리 동정 했을때만 Phylogenetic tree를 그리는게 아닌가요? -> 분리한 미생물이 각각 Enterobacter sp. YRL01, Citrobacter sp. F5-4 와 가장 유사하다고 Blast searching 결과 나왔다고 하셨는데, 정확하게 분리 미생물이 어디에 속하는지 확인하기 위해서는 type strain 들로 비교하는 것이 필요합니다. 아마도 Enterobacter sp. 와 Citrobacter sp. 에서 크게 벗어나지 않을 듯 보이나, 아시다시피 NCBI 의 Blast searching 결과 나오는 결과들은 varidation 이 되지 않은 것들입니다. 즉, 아무나 대충 이름 지어서 올리면 그 내용이 검색 결과로 나올 수 있다는 말입니다. high score 로 나온 미생물들의 type strain 들을 찾아서 tree 를 그려보고 similarity matrix 를 만들어 보면 정말 내 분리균이 어느 미생물과 같은 미생물인지 확인할 수 있을 겁니다. type strain 의 확인은 1. 각 균주보관센터에서 확인하는 방법이 있을 수 있고, 2. RDP site (http://rdp.cme.msu.edu/) 에서 확인하실 수 있고, 3. http://www.bacterio.cict.fr/ 에서도 확인가능하고, 4. 최신의 균주들은 http://ijs.sgmjournals.org/ 에서 하나씩 확인하셔야 합니다. 일반적으로 2,3번의 사이트 만으로도 대략의 분류는 가능하리라 생각되네요. 논문을 보면 신규 종이 아닌 경우 (97% 이상 16S similarity 가 있는 경우)는 tree 는 논문에 싣지 않고 similarity 가 어떤 균과 몇 % 였다. 그래서 뭐라고 명명했다. 정도로 기술하더군요. 미생물 분류 및 phylogentic tree 작성에 관해서는, 여기 가시면 전체적인 과정이 쉽게 설명되어 있습니다. 참고해 보세요. http://bio.kaist.ac.kr/~stlee/micro/Data/Phylogenetic%20Tree/Phylogenetic%20Tree.htm

감사드립니다.. 많은 도움이 됐습니다.. 감사합니다..

좋은 정보 알려주셔셔 감사합니다. 이제 조금씩 뚤리는 느낌이 듭니다. 고맙습니다.