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말씀하신대로 각 유전자들은 transcription start site에서 transcription이 되어 primary transcript가 만들어지고 그 이후 splicing들을 통한 post-trasncirptional regulation이 이어집니다. 따라서 보통 프로모터라 할때는 transcription start site를 기준으로 ~1k-2kb 5' upstream을 말합니다. 보통 tata box가 위치하고요 없는 경우도 있습니다. 때에 따라서는 첫번째 exon까지 promoter의 범주에 들어가는 경우도 꽤나 있답니다. 아마도 질문하신 분이 보신 ATG기준으로 promoter를 정한 분들은 이 경우일 듯 싶네요. 질문하신 분이 생각하신대로 5' UTR 앞쪽 즉 transcription start site 앞쪽이 대부분 프로모토라 보시면 맞다고 할 수 있답니다. >분자생물학에 대한 기초가 적어서 질문 드립니다. > >mRNA는 5'UTR과 exon, intron 그리고 3'UTR로 구성 되어져 있고 이들이 mRNA processing을 통해서 mature RNA를 만든다고 알고 있습니다. > >논문을 살펴보면 대부분의 논문에서 promoter assay를 5'UTR 앞쪽이 아닌 ATG를 기준으로 실험하고 promoter region이라고 말하던데요 > >제 짧은 생각으로는 5'UTR 앞쪽 부분을 promoter라고 생각하는데 >저의 생각이 잘 못 된 건지?? > >제가 연구하고자 하는 유전자의 경우 ATG와 5'UTR 사이가 50Kb라서 >어떤 방법으로 연구를 진행해야 할지 헷갈리네요. >만약 5'UTR 을 enhancer라고 한다면 제가 흥미롭게 생각하는 부분을 >promoter 앞쪽에 넣어 (5'UTR --- promoter--report gene) 실험을 진행해도 되는지요?? >첨부한 논문을 읽어보면 제가 계획하고 있는 실험으로 가능 할 것이라 생각되는데요. > > >저의 짧은 지식으로 처음 계획중인 실험이라 힘드네요 > >선생님들의 많은 조언 부탁드립니다.

enhancer는 UTR 의 upstream에 존재할 수도 UTR에 존재할 수도 intron에 존재할 수도 어떤 때는 exon에 존재하기도 하며 downstream에 있는 경우도 있습니다. 그래서 대부분 ATG를 기준으로 upstream sequence를 일단 조사하고 long intron이 존재하는 경우 결과에 따라서 조사하기도 합니다.

님이 계획하고 있는 실험이 성공할지 안할지는 모르겠네요.. 5'UTR --- promoter--report gene 여기서 5'UTR에 enhancer가 존재하고 방향성이 없으며 여기서 사용된 Promoter가 그 enhancer에 반응한다면 가능하겠죠... 그 외의 경우라면 안될 수도 있겠죠... 저라면 몇가지 경우를 더 고려해서 실험계획을 짜겠습니다. >분자생물학에 대한 기초가 적어서 질문 드립니다. > >mRNA는 5'UTR과 exon, intron 그리고 3'UTR로 구성 되어져 있고 이들이 mRNA processing을 통해서 mature RNA를 만든다고 알고 있습니다. > >논문을 살펴보면 대부분의 논문에서 promoter assay를 5'UTR 앞쪽이 아닌 ATG를 기준으로 실험하고 promoter region이라고 말하던데요 > >제 짧은 생각으로는 5'UTR 앞쪽 부분을 promoter라고 생각하는데 >저의 생각이 잘 못 된 건지?? > >제가 연구하고자 하는 유전자의 경우 ATG와 5'UTR 사이가 50Kb라서 >어떤 방법으로 연구를 진행해야 할지 헷갈리네요. >만약 5'UTR 을 enhancer라고 한다면 제가 흥미롭게 생각하는 부분을 >promoter 앞쪽에 넣어 (5'UTR --- promoter--report gene) 실험을 진행해도 되는지요?? >첨부한 논문을 읽어보면 제가 계획하고 있는 실험으로 가능 할 것이라 생각되는데요. > > >저의 짧은 지식으로 처음 계획중인 실험이라 힘드네요 > >선생님들의 많은 조언 부탁드립니다.

우선 transcript가 몇개인지 확인할 필요가 있습니다. 이전에 발표된 논문의 northern blot 결과를 확인해서 한종류 또는 두종류 이상이 존재하는지 확인해봐야 합니다. transcript size를 확인해서 5'UTR이 포함되는지 안되는지 확인해야 합니다. (1) 두 종류 이상의 transcript 존재할 때 5' UTR 부분이 없는 size의 transcript가 존재한다면 5' UTR과 ATG 사이에 promoter가 존재할 가능성이 있지만 그렇지 않다면 hanjs015 님이 말씀 하셨듯이 5' UTR 앞에 promoter가 존재할 가능성이 높습니다. (2) in silico analysis 아래 프로그램 처럼 많은 프로그램이 있습니다. 먼저 분석하시고 promoter assay를 하면 많은 도움을 받을 수 있습니다. 출처: http://life.gist.ac.kr/irt/ From mRNA to Genomic Sequence - Defining the Genomic Region RefSeq Full Length cDNA Projects NEDO DBTSS NEDO home FIE2 Kasuza home PromoSer HUGE(Kasuza) FirstEF RIKEN Dragon Gene Start Finder Mammalian Gene Collection Eponine German Full Length cDNA Project ◆ Tools for Promoter Searching ▶ Database TFD dbTSS EPD PLACE TRRD PlantPromDB TransFac Jaspar ▶ Programs Audic PromFind Cister PromFind (download) ConPro PromoterInspector ConSite PromoterScan 2 Dragon Promoter Finder Promoter2.0 Eponine Regulatory Sequence Analysis Tools FastM: Now available through Genomatix only SignalScan PromFD (download) Tess FootPrinter TFSearch McPromoter TSSG/TSSW/TSSP FastM, Patch (PatSearch), Match(MatInspector).... (Transfac 6.0) - programs link Zhang Lab (CorePromoter) - Promoter tools and databases for Human, Drosophila, C. Elegans, Arabidopsis, Yeast NNPP ▶ Alignment Programs AVID LAGAN Dialign Pipmaker Dialign + Chaos zpicture ▶ Programs for Groups of Genes Alignace Phylofoot Bindgene PROMO Confac PROMH Conreal Reduce Consensus R-Motif Consite RSAT Footprinter rVista MEME Trafac OTFBS Vista ◆ Online Software Tools ConSite - Transcription factor binding site detection using phylogenetic footprinting dbMTN - Multiple Tissue Northern Blot Comparison Tool GeneLynx - A portal to the human genome JASPAR - Transcription Factor Binding Profile Database MSCAN - Algorithm that detects clusters of transcription factor binding sites in genomic sequences NHRscan - A computational predictor of nuclear hormone receptor binding sites NovelFam3000 - A bioinformatics tool created to accelerate characterization of gene families sharing uncharacterized protein domains oPOSSUM - Web-based analysis of over-represented transcription factor binding sites oPOSSUM2 - Web-based analysis of over-represented ranscription factor binding sites, version 2.0 OrthoSeq - Alignment of DNA sequences PAZAR - An open-access system for the collection and dissemination of regulatory sequence annotation Phylofoot - Tools for phylogenetic footprinting SAGE2Splice - A tool that uses unmapped SAGE tags to predict novel splice junctions in the genome TFBS - Perl modules for transcription factor binding site detection and analysis Ulysses - Protein Interactions Conserved Across Evolution >분자생물학에 대한 기초가 적어서 질문 드립니다. > >mRNA는 5'UTR과 exon, intron 그리고 3'UTR로 구성 되어져 있고 이들이 mRNA processing을 통해서 mature RNA를 만든다고 알고 있습니다. > >논문을 살펴보면 대부분의 논문에서 promoter assay를 5'UTR 앞쪽이 아닌 ATG를 기준으로 실험하고 promoter region이라고 말하던데요 > >제 짧은 생각으로는 5'UTR 앞쪽 부분을 promoter라고 생각하는데 >저의 생각이 잘 못 된 건지?? > >제가 연구하고자 하는 유전자의 경우 ATG와 5'UTR 사이가 50Kb라서 >어떤 방법으로 연구를 진행해야 할지 헷갈리네요. >만약 5'UTR 을 enhancer라고 한다면 제가 흥미롭게 생각하는 부분을 >promoter 앞쪽에 넣어 (5'UTR --- promoter--report gene) 실험을 진행해도 되는지요?? >첨부한 논문을 읽어보면 제가 계획하고 있는 실험으로 가능 할 것이라 생각되는데요. > > >저의 짧은 지식으로 처음 계획중인 실험이라 힘드네요 > >선생님들의 많은 조언 부탁드립니다.