2008-09-22
org.kosen.entty.User@4d86f48f
오용식(rockeryosi)
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maximum likelihood tree를 그렸는데요.
scale bar가 10, 100이런 식으로 값이 나오더라고요.
그런데 다른 논문에 그려진 tree를 보니 0.1, 0.01 이런식으로 나오던데..
제가 지정한 replication값으로 10이나 100으로 나온값을 나눠야 하는건가요?
아니면 따로 0.1, 0.01로 그려지는 protocol이 있는 것인가요?
그냥 나누기에는 scale bar의 size가 좀 이상한거 같습니다.
[제가 그린 tree를 보면 scale bar size가 10인데도 3mm정도 인데, 논문에서는 0.1인데 2~3cm정도 됩니다.]
도와주세요.
- phylogenetic tree
- maximum likelihood
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
안길홍님의 답변
2008-09-23- 0
위의 site를 접속하여 보시죠. http://evolve.zoo.ox.ac.uk/software.html -
답변
박수제님의 답변
2008-10-01- 0
>maximum likelihood tree를 그렸는데요. > >scale bar가 10, 100이런 식으로 값이 나오더라고요. > >그런데 다른 논문에 그려진 tree를 보니 0.1, 0.01 이런식으로 나오던데.. > >제가 지정한 replication값으로 10이나 100으로 나온값을 나눠야 하는건가요? > >아니면 따로 0.1, 0.01로 그려지는 protocol이 있는 것인가요? > >그냥 나누기에는 scale bar의 size가 좀 이상한거 같습니다. > >[제가 그린 tree를 보면 scale bar size가 10인데도 3mm정도 인데, 논문에서는 0.1인데 2~3cm정도 됩니다.] > >도와주세요. > > 스케일 바는 말 그래도 스케일바죠...(비록 후배지만.. 존칭을..ㅋㅋ) 여튼.. 그 트리에서 두 균주간의 16S similarity가 1.3정도 차이가 나고.. 그것을 기준으로 자를 이용해서 산출해보면... 그 tree의 스케일 바를 결정할 수 있습니다.