2008-09-24
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김성우(bbabak)
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Phage display 관련 일을 수행하면서 몇 가지 확인하고 싶어서 질문 드립니다.
1. 제가 가지고 있는 protocol에서, M13KO7 helper phage를 infection 시킬 때 MOI에 관한 언급이 없어서 질문드리는데요..MOI에 관한 내용을 찾아보면 상당히 다양하더라구요..
저는 MOI를 20 (Phage:E.coli=20:1)으로 해서 사용하는 데 이렇게 사용하는 것이 일반적인 것인지 궁금하구요.
2. 두 번째, 프로토콜 상의 오자가 있어서 확인하고 싶어서 여쭙니다. PEG/NaCl Soln.으로 phage를 precipitation 시킬때 PEG/NaCl Soln.에서 NaCl의 농도가 2.5 M이 맞는지?
프로토콜 상에서 한 곳은 2.5 M로 명기되어 있고, 다른 한 쪽에선 0.25 M로 명기되어 있어 혼란 스럽네요..문헌을 찾아보면 high salt를 사용하라고 써있는 걸로 봐선 2.5 M이 맞는 거 같긴 한데..확인하고 싶어서요.
3. 세 번째, pfu 와 cfu의 차이를 좀 알고 싶은데요..
2.5 x 10^12 pfu 와 2.5 x 10^12 cfu를 갖는 phage의 차이는 무엇입니까?
어떨 때 pfu로 표기하고 어떨 때 cfu로 표기하는 지 궁금하네요.
4. 마지막으로, pfu 측정시 plaque를 형성해야 되는데, plaque 구분을 보다 확실하게 할 수 있는 방법이 없을까요? 명확한 plaque 형성을 위해서 5mM MgCl2를 첨가하면 좋다고 해서 0.7% top agar에 5mM MgCl2를 첨가해서 사용하는 데, 좀 더 뚜렷한 plaque를 보려면 어떻게 해야 할까요?
- phage display
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
서기원님의 답변
2010-01-04- 0
phage 와 E coli 사용 비율은 구입하신 제품의 protocol에 나왔있을텐데요.. 다시한번 꼼꼼히 살펴보시는게 ^^ 그리고. 2.5M 맞습니다.. 그리고 pfu 는 plaque forming unit, cfu는 colony forming unit 입니다. 물론 비슷한 개념이라서 혼용해도 다들 알아먹고 차이가 없긴하지만.. 굳이 차이를 말씀드리면 pfu는 바이러스의 수를 말할때 줄로 사용합니다. host를 mono layer로 깔아놓고 host에 바이러스를 감염시키면 host cell이 죽으면서 구명이 뚤리죠. 이걸 세면 감염력을 가진 바이러스의 수입니다. 바이러스가 스스로 colony를 형성해서 불수 없기 때문에 host cell을 이용해서 하나의 세포에 하나의 바이러스가 감염됐다는 가정하에 하는 실험입니다. (당연 이런 상황에서 농도가 실험에 크게 영향을 미침니다. 하나의 세포에 여러 바이러스가 감염하는 상황을 최대한 베제시켜야 하니까요.) 그래서 보통 plaque assay라고도 합니다. cfu는 말그대로 colony의 수를 세는 겁니다. single cell이 colony를 형성할수 있는 적정 농도로 plate에 깔면 형성되죠.. 박테리아나 곰팡이를 셀때 주로 사용합니다.. 다음으로 plaque 형성이 잘 보이게 하는 법을 문의 하셨는데. 1. host를 염색하시면 됨니다. 구멍이 뚤리면 염색이 없어질테니깐요. 동물세포로 할때 주로 사용... 박테리아에서는 아무래도 힘들꺼 같고요.. 가능하다면 이방법을 쓰셔도 됩니다. 2. phage가 감염하여 증식하면 특정 물질을 만들어내고 이 물질이 색을 나타내게 하면 됨니다. 예로 lac 유전자를 삽입하여 x-gal 를 넣고 발색 시킴니다.. 이 방법은 phage display kit중에 사용하는 제품 있습니다. new england bio lab 제품입니다.. 다른 제품들도 있을꺼고요.. 도움이 되셨으면 하네요..