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지식나눔

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SEA-TROSY가 궁금합니다.

2008-11-17 org.kosen.entty.User@5bef158f 문창훈(windkail)
  • 3
안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. 그럼 수고하세요.
  • SEA-TROSY
  • TROSY
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    님의 답변

    2008-11-18
    • 4
    >안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 >SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. >SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. >그럼 수고하세요. SEA-TROSY는 거대 단백질에서 표면에 있는 amide proton만을 선별적으로 골라내기 위해 고안된 방법입니다. 이를 위해 두가지 기법을 조합합니다. 첫번째로 우선 isotope filtering기법을 이용해서 단백질로부터 나오는 신호를 모두 지웁니다. 두번째로 단백질 표면에 있는 admide proton에만 선별적으로 신호를 부여합니다. 표면에 있는 amide proton들은 물과 exchange를 할 수 있기 때문에 이 과정을 통해 filtering 마지막 단계에서 Z축으로 옮겨진 물로부터 새롭게 에너지를 전달 받을 수 있습니다(NOESY와 같은 원리입니다). 이렇게 해서 선별된 단백질 표면의 amide proton을 TROSY기법으로 검출하게 됩니다. 이러한 방법을 이용하는 이유는 거대 단백질의 경우 amide signal이 너무 많기 때문에 신호 중첩이 일어나 2D 기법만으로는 drug titration과 같은 실험에서 개별적인 signal의 변화를 추적하기에 충분한 해상도를 얻을 수 없습니다. 해당 기법의 개발자들은 이러한 한계점을 극복하기 위해 단백질 표면에 있는 amide만을 선택적으로 골라내는 방법을 통해 관측되는 신호의 갯수를 줄여 신호중첩을 줄였습니다. 원리적으로는 SEA-HSQC도 가능하지만 원저자들이 TROSY를 사용한 이유는 SEA 기법을 이용해서 신호를 골라내야 할 정도로 큰 단백질이라면 HSQC를 적용하기엔 힘든 크기의 단백질일 것이기 때문입니다.
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    >안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 >SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. >SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. >그럼 수고하세요. SEA-TROSY는 거대 단백질에서 표면에 있는 amide proton만을 선별적으로 골라내기 위해 고안된 방법입니다. 이를 위해 두가지 기법을 조합합니다. 첫번째로 우선 isotope filtering기법을 이용해서 단백질로부터 나오는 신호를 모두 지웁니다. 두번째로 단백질 표면에 있는 admide proton에만 선별적으로 신호를 부여합니다. 표면에 있는 amide proton들은 물과 exchange를 할 수 있기 때문에 이 과정을 통해 filtering 마지막 단계에서 Z축으로 옮겨진 물로부터 새롭게 에너지를 전달 받을 수 있습니다(NOESY와 같은 원리입니다). 이렇게 해서 선별된 단백질 표면의 amide proton을 TROSY기법으로 검출하게 됩니다. 이러한 방법을 이용하는 이유는 거대 단백질의 경우 amide signal이 너무 많기 때문에 신호 중첩이 일어나 2D 기법만으로는 drug titration과 같은 실험에서 개별적인 signal의 변화를 추적하기에 충분한 해상도를 얻을 수 없습니다. 해당 기법의 개발자들은 이러한 한계점을 극복하기 위해 단백질 표면에 있는 amide만을 선택적으로 골라내는 방법을 통해 관측되는 신호의 갯수를 줄여 신호중첩을 줄였습니다. 원리적으로는 SEA-HSQC도 가능하지만 원저자들이 TROSY를 사용한 이유는 SEA 기법을 이용해서 신호를 골라내야 할 정도로 큰 단백질이라면 HSQC를 적용하기엔 힘든 크기의 단백질일 것이기 때문입니다.
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    문창훈(windkail) 2008-11-18

    감사합니다 ^ㅡ^ 많은 도움이 되었습니다.

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    이상후님의 답변

    2008-11-18
    • 2
    >안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 >SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. >SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. >그럼 수고하세요. SEA-TROSY는 solvent-exposed amides with transverse relaxation-optimized spectroscopy의 약자로서 단백질처럼 큰 물질의 TROSY spectra에서는 resonance overlap으로 인하여 resonance assignment와 chemical-shift perturbation 연구등에 큰 어려움을 주는 원인이 됩니다. SEA-TROSY는 이러한 resonance overlap의 문제를 극복하기 위해서 고안된 NMR 테크닉중에 하나입니다. Globular 단백질의 경우에, 외부는 solvent외 접촉하고 있지만 내부는 solvent와 접촉하지 않은 형태로 있게 되는데 solvent-exposed groups중에 amide를 중심으로, SEA-TROSY는 H2O로 magnetization transfer에 의해 H2O에 녹은 균일하게 deuterated 15N-labelled 단백질에서 solvent-exposed amide protons을 스펙트럼상에 보이게 됩니다. 도움이 되시길 바랍니다.
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    >안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 >SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. >SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. >그럼 수고하세요. SEA-TROSY는 solvent-exposed amides with transverse relaxation-optimized spectroscopy의 약자로서 단백질처럼 큰 물질의 TROSY spectra에서는 resonance overlap으로 인하여 resonance assignment와 chemical-shift perturbation 연구등에 큰 어려움을 주는 원인이 됩니다. SEA-TROSY는 이러한 resonance overlap의 문제를 극복하기 위해서 고안된 NMR 테크닉중에 하나입니다. Globular 단백질의 경우에, 외부는 solvent외 접촉하고 있지만 내부는 solvent와 접촉하지 않은 형태로 있게 되는데 solvent-exposed groups중에 amide를 중심으로, SEA-TROSY는 H2O로 magnetization transfer에 의해 H2O에 녹은 균일하게 deuterated 15N-labelled 단백질에서 solvent-exposed amide protons을 스펙트럼상에 보이게 됩니다. 도움이 되시길 바랍니다.
    문창훈(windkail) 2008-11-18

    감사합니다 ^ㅡ^ 많은 도움이 되었습니다.

  • 답변

    안길홍님의 답변

    2010-01-30
    • 0

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    >안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 >SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. >SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. >그럼 수고하세요. 첨부자료
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    >안녕하세요. 논문을 보며 NMR을 공부하는 도중 large-protein을 위한 방법으로 >SEA-TROSY를 보게 되었는데 논문을 읽어 보아도 정확히 정리가 되지 않아 글 남깁니다. >SEA-TROSY의 간단한 원리와 정의에 대해 알고싶습니다. >그럼 수고하세요. 첨부자료
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