2008-12-30
org.kosen.entty.User@544cde8d
김준식(k6685904)
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단백질 2차구조에서 B-turn 구조의 의미를 알고 싶습니다.
CD로 2차 구조분석을 하였는데 B-turn 함량이 전혀 없습니다.
논문상에서는 B-Sheet 와 B-turn의 비율이 비슷하게 나오는데
CD 분석결과 B-Sheet만 있고 B-turn은 하나도 없습니다.
CD 분석상의 문제점이 있는지도 궁금합니다.
- 단백질 2차 구조
- B-turn
- CD 분석
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답변 2
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답변
이상후님의 답변
2009-01-05- 0
>단백질 2차구조에서 B-turn 구조의 의미를 알고 싶습니다. >CD로 2차 구조분석을 하였는데 B-turn 함량이 전혀 없습니다. >논문상에서는 B-Sheet 와 B-turn의 비율이 비슷하게 나오는데 >CD 분석결과 B-Sheet만 있고 B-turn은 하나도 없습니다. >CD 분석상의 문제점이 있는지도 궁금합니다. > b-turn은 보통 단백질 이차구조의 불규칙한 형태를 나타내며 주기성을 갖지 않는 4개의 아미노산(i, i + 1, i + 2, i + 3)으로 이루워져 있으며, 펩타이드와 단백질에서 많은 생물학적 역활을 하는 것으로 보고되고 있습니다. 대부분 단백질 표면에서 흔히 관찰되는 것들이며 hydrophilic residue(e.g., Asp, Ser, Pro, Thr, Lys)로 구성되어 있습니다. 때로는 단백질에서 recognition site로서도 기능(e.g., in antibodies, enzymes, receptors, etc.)을 하는 것으로 보고됩니다. 또한 b-turns은 단백질에 flexibility를 부여하고 이것들이 많은 생화학적 과정에서 중요한 것으로 보고됩니다. 펩타이드에서의 beta-turn은 최근에 일부 elastin peptide의 예와 complement inhibitor compstatin에서 보여진 것처럼 bioactive conformation의 역활(e.g., in hormones, degraded peptides involved in regulations, etc.)을 하며 최근에는 beta-hairpin의 folding에 관여되어 진다고 보고되고 있습니다. 몇가지로 생각해 볼 수 있을거 같습니다. 우선 단백질이 녹은 solvent가 어떤것인지 확인이 필요할 것으로 보입니다.(water?, TFE ? ...). water에 녹여져 있을 경우에는 해당하는 band의 negativity가 매우 미약할수 있습니다. 또한 온도에 따라서도 variation이 있을 수 있습니다. 온도를 60'C로 올려서 측정해 보시는 것도 beta-turn구조를 좀 더 clear하게 볼 수 있는 방법중에 하나가 될 수 있습니다. -
답변
안길홍님의 답변
2010-01-25- 0
>단백질 2차구조에서 B-turn 구조의 의미를 알고 싶습니다. >CD로 2차 구조분석을 하였는데 B-turn 함량이 전혀 없습니다. >논문상에서는 B-Sheet 와 B-turn의 비율이 비슷하게 나오는데 >CD 분석결과 B-Sheet만 있고 B-turn은 하나도 없습니다. >CD 분석상의 문제점이 있는지도 궁금합니다. > 첨부 자료