2009-01-29
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주정훈(curior2000)
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SDS PAGE를 한 후 detection된 밴드를 보고 marker protein 과 비교해서
band의 size를 대충알수 있잖아요! 근데 좀 더 정확히 detection 된 band의
size를 알수 있는 계산법 같은게 없을까요?
D= a-blogM(D: 이동거리 M:분자량 a,b :실험적 상수)
이런식이 있는데 SDS PAGE에 적용해도 될까요?
만약 된다고 하면 실험적 상수라고 하는 a,b는 무슨 값을 말하는 건가요?
알고 계신 많은 과학자 분들의 도움 부탁드립니다.
관련된 논문 추천도 감사하겠습니다.
- SDS PAGE
- protein
- 이동거리
지식의 출발은 질문, 모든 지식의 완성은 답변!
각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 4
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답변
신재욱님의 답변
2009-01-30- 0
MW를 calculation하기 위하여 먼저 MW marker를 log값으로 치환합니다. Log(MW)로 말이죠. 그리고 Y축은 semi-log로 MW/kDa(log 값으로 치환하였기 때문에 10, 100, 1000으로 작성하심 될 것입니다.)로 작성하시고 X축은 이동거리(Rf)로 mm(일정한 거리 예로 10mm, 20mm, 30mm 등으로..)를 작성하셔서 분자량 그래프를 그리시고 시료의 위치를 찍으시면 분자량이 나오게 됩니다. 아래 사이트를 참고하셔도 됩니다. http://course1.winona.edu/sberg/307s09/Labs/documents/SDSpage.doc
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답변
이상후님의 답변
2009-01-30- 0
>SDS PAGE를 한 후 detection된 밴드를 보고 marker protein 과 비교해서 >band의 size를 대충알수 있잖아요! 근데 좀 더 정확히 detection 된 band의 >size를 알수 있는 계산법 같은게 없을까요? > >D= a-blogM(D: 이동거리 M:분자량 a,b :실험적 상수) > >이런식이 있는데 SDS PAGE에 적용해도 될까요? >만약 된다고 하면 실험적 상수라고 하는 a,b는 무슨 값을 말하는 건가요? > >알고 계신 많은 과학자 분들의 도움 부탁드립니다. >관련된 논문 추천도 감사하겠습니다. > Calibration curve를 정확하게 만들어야만 비교적 정확도 있는 MW를 측정할 수 있습니다. sjo2652님이 설명하신 것처럼 calibration curve를 만든후에 X,Y 좌표상에 하나의 그래프가 만들어지게 되면, 즉 기울기가 음수인 일차직선이 만들어지게 되면, 이때 a는 y절편이고 b는 그래프의 기울기에 해당하게 됩니다. 이것은 사용한 gel matrix, 온도, 버퍼에 따라 다르게 나올 수 있습니다.
주정훈(curior2000) 2009-01-31좋은 정보 감사합니다.
calibration curve가 만들어 지게 되면 위에 써있는 것처럼 D=a-blogM 이라는 식이 만들어 지나요? 나중에 그 식에 detection이 된 band의 이동거리를 대입해서 분자량을 얻는것인가요? -
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이상후님의 답변
2009-01-31- 0
>SDS PAGE를 한 후 detection된 밴드를 보고 marker protein 과 비교해서 >band의 size를 대충알수 있잖아요! 근데 좀 더 정확히 detection 된 band의 >size를 알수 있는 계산법 같은게 없을까요? > >D= a-blogM(D: 이동거리 M:분자량 a,b :실험적 상수) > >이런식이 있는데 SDS PAGE에 적용해도 될까요? >만약 된다고 하면 실험적 상수라고 하는 a,b는 무슨 값을 말하는 건가요? > >알고 계신 많은 과학자 분들의 도움 부탁드립니다. >관련된 논문 추천도 감사하겠습니다. > 답변에서 말씀드린바와 같이 D= a-blogM에서 D는 일차직선의 y값이 되는 것이고 logM은 x값으로서 1사분면에서 기울기가 마이너스인 그래프를 갖게 됩니다. 따라서 sample의 PAGE상에서의 거리(대개 mm단위)가 얻어지게 되면 얻어진 일차 직선식의 y에 대입하게 되면 logM = .....의 형태로 나오게 되므로 M이 얻어질 수 있습니다. -
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안길홍님의 답변
2010-02-04- 0
>SDS PAGE를 한 후 detection된 밴드를 보고 marker protein 과 비교해서 >band의 size를 대충알수 있잖아요! 근데 좀 더 정확히 detection 된 band의 >size를 알수 있는 계산법 같은게 없을까요? > >D= a-blogM(D: 이동거리 M:분자량 a,b :실험적 상수) > >이런식이 있는데 SDS PAGE에 적용해도 될까요? >만약 된다고 하면 실험적 상수라고 하는 a,b는 무슨 값을 말하는 건가요? > >알고 계신 많은 과학자 분들의 도움 부탁드립니다. >관련된 논문 추천도 감사하겠습니다. > 참고자료
좋은 정보 감사합니다. 조금 생소한 부분이 있어서 좀 더 여쭤보고 싶은데
Y축을 semi-log로 작성한다는 말은 각 Marker의 log값을 넣고 그에 따른
이동거리를 X축의 좌표로 삼는다는 말인가요?