2009-03-03
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유용규(abiho)
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Gram negative 에 Proteobacteria가 속하고... 16s rDNA의 염기서열을 바탕으로 나눈다고 배웠는데.... 이게 맞는 말인지요.... 그리고 혹시 Proteobacteria를 구분하는 primer가 있나요?
고수님들의 답변 기다리겠습니다.
- Proteobacteria
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 1
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답변
오용식님의 답변
2009-03-05- 0
>Gram negative 에 Proteobacteria가 속하고... 16s rDNA의 염기서열을 바탕으로 나눈다고 배웠는데.... 이게 맞는 말인지요.... 그리고 혹시 Proteobacteria를 구분하는 primer가 있나요? >고수님들의 답변 기다리겠습니다. 제 개인적인 생각에는... bacteria라는 domain에 proteobacteria라는 phylum이 속하기 때문에 gram negative에 proteobacteria가 속한다는 말은 약간 이상한 표현이라 생각되네요.. 하지만 제가 알아본 proteobacteria 균들 대부분이 gram negative에 속하는 것으로 보아서는...(gram positive가 있을지 없을지는 모르겠지만..^^;;) 이것은 기준을 어떻게 나누어서 보느냐에 따라 맞는 말이 될수도 있다고 생각되네요.. 일반적으로 bacteria 분류를 할때 16S rDNA 서열을 바탕으로 분류를 하기에 그 말은 맞다고 볼 수 있습니다. 16S rDNA 서열을 이용하면 일반적으로 species 수준까지는 무난하게 분류가 가능합니다. 하지만 proteobacteria를 구분할 수 있는 primer가 존재한다는 말은 저는 아직까지 들어보지 못했습니다. 16S rDNA 서열을 바탕으로 bacteria 분류시 사용되는 primer들은 모두 unveral primer인데...이것을 사용하면 proteobacteria 뿐만 아니라 bacteria domain의 모든 bacteria의 16S rDNA 서열을 얻을 수 있기에 proteobacteria만을 구분하기에는 무리라 생각되고요... 다만 16S rDNA 서열을 NCBI의 BLASTn에 입력하여 서열의 상동성을 알아보면 입력한 16S rDNA 서열을 가진 bacteria의 분류가 가능하기 때문에 proteobacteria에 속하는지 아닌지 정도는 무난하게 알아낼 수 있습니다. 미흡하지만 도움이 되셨길...^^;;