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rRNA와 rDNA의 차이라... 본래 rRNA는 ribosomal RNA라 하여 하나의 ribosome이라 보시면 됩니다. rDNA란?? rRNA를 coding하고 있는 DNA를 rDNA라 합니다. rRNA를 PCR한다고 하여 RNA를 뽑아서 PCR을 할 필요는 없습니다... 그리고 아직까지 저는 rRNA PCR을 RNA를 주형으로하여 PCR한다는 말을 들어본 적이 없습니다..(제가 틀린것일 수도 있습니다...^^;;) 하지만 rRNA는 DNA를 뽑아서 PCR해도 되구요.. 왜냐면 각 rRNA를 coding하는 유전자가 DNA에도 있을테니까요.. 그리고 RNA보다 DNA 뽑는게 더 쉬울거에요..ㅋ 저는 이것도 저것도 귀찮다 싶으면 colony PCR을 해서 rRNA PCR product를 얻습니다.. (저는 주로 16S rRNA를 PCR합니다..^^;;;) 곰팡이를 이용해서 colony PCR을 해본적은 없으나, 과거에 yeast를 이용해서 colony PCR을 했던 경험을 생각해보면,,, DNA를 뽑아서 PCR할것을 강추합니다.. (생각보다 colony PCR이 잘 안되요..^^:;) 제가 2달전쯤인가? Yeast (S. cerevisiae)를 이용해서 ITS를 증폭해봤는데요, ITS를 증폭할 수 있는 primer 종류가 여러개 있는것으로 알고 있습니다.. 참고 하시는 논문이 있으시다면 그 논문의 primer를 참고하여 쓰시면 될거 같구요, 음..PCR primer와 sequencing primer가 다르다는건... 어떤 논문을 보신건지는 모르겠지만..또, 제가 논문의 내용을 모르니까.. 하지만 PCR product를 얻어서 바로 sequencing 하는것이 아니라 TA cloning을 해서 sequencing을 한다면 sequencing에 사용하는 primer는 충분히 다를수 있다고 생각됩니다만... 한번 참고하시는 논문을 차근히 읽어보세요, 생각보다 쉽게 답을 얻으실 수 있을거에요..^^;; >제가 한 곰팡이의 DNA를 뽑아 ITS(internal transcribed spacer)primer로 증폭해서 >5.8S rRNA를 sequncing하여 이 곰팡이가 무엇인지 찾으려고 합니다. > >제가 궁금한건 rRNA랑 rDNA가 있던데 이것이 각각 무엇인지 알고 싶고, >제 실험 방법에서 DNA대신 RNA를 뽑아서 증폭해도 되는지(예를들어 16s rRNA실험에서..) >그리고 ITS primer가 기본적으로1~4 4가지 있던데, 제가 참고 하는 논문에서는 증폭한 >primer랑 sequencing한 primer가 다르더군요..이게 가능한지 알고 싶습니다. > >실험을 하면서 기본원리도 제대로 이해하지 못해 이런 질문을 올려서 송구스럽습니다. >갑자기 하게된 일이라...하고는 있는데 원리는 찾아봐도 잘 몰라서 이렇게 질문을 올립니다 >좋은 답변 부탁드립니다.