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지식나눔

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RNA extraction 방법차이

2009-05-11 org.kosen.entty.User@70478aca 곽서영(rhkrtj)
  • 3

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결과사진과 함께 첨부합니다. 이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. 2번 lane은 positive control 이고 3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. 각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 detection 할수있었습니다. 두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 왜 결과는 다른가요..? 혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 그런걸까요..? 음... 조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ
  • RNA
  • extraction
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답변 3
  • 답변

    박수제님의 답변

    2009-05-14
    • 0
    >결과사진과 함께 첨부합니다. >이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. >2번 lane은 positive control 이고 >3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 >7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. >각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. >silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, >phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 >detection 할수있었습니다. > >두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 >왜 결과는 다른가요..? RNA를 column을 통해서 사용하실 경우에는 column의 오염도 확인해야 합니다. 저의 경우에는 그런 경우가 있어서.. Trizol을 이용해서 많이 뽑았고요... column이 편하긴 하지만... 결과를 위해서라면... 아무래도.. manual이 좋겠네요.. 굳이 column이라면 Q아젠 제품이... 그래도 quality가 높으니.. 그걸 사용해보시는 것도 좋고요. 좋은 결과 얻으세요. >혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 >그런걸까요..? >음... >조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ
    답변수정
    >결과사진과 함께 첨부합니다. >이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. >2번 lane은 positive control 이고 >3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 >7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. >각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. >silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, >phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 >detection 할수있었습니다. > >두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 >왜 결과는 다른가요..? RNA를 column을 통해서 사용하실 경우에는 column의 오염도 확인해야 합니다. 저의 경우에는 그런 경우가 있어서.. Trizol을 이용해서 많이 뽑았고요... column이 편하긴 하지만... 결과를 위해서라면... 아무래도.. manual이 좋겠네요.. 굳이 column이라면 Q아젠 제품이... 그래도 quality가 높으니.. 그걸 사용해보시는 것도 좋고요. 좋은 결과 얻으세요. >혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 >그런걸까요..? >음... >조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ
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  • 답변

    전정용님의 답변

    2009-06-16
    • 0
    RNA 실험에 있어서는 일단 sample의 RNA가 깨진 상태가 아니어야 좋은 결과를 얻을 수 있습니다. 다음으로는 lysis 방법의 차이인데요, 저 같은 경우는 막자사발, homogenizer, pipetting 방법등으로 해보았는데요 막자사발을 이용한것이 가장 잘 lysis 됨을 확인할 수 있었죠. 그 이후는 manual과 kit을 이용한 extract과정인데요 여기서도 손에 익숙해지기만 하면 manual이 훨씬 양과 질 면에서 좋습니다. manual방법을 익히시는게 좋을 듯 합니다. >결과사진과 함께 첨부합니다. >이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. >2번 lane은 positive control 이고 >3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 >7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. >각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. >silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, >phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 >detection 할수있었습니다. > >두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 >왜 결과는 다른가요..? >혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 >그런걸까요..? >음... >조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ
    답변수정
    RNA 실험에 있어서는 일단 sample의 RNA가 깨진 상태가 아니어야 좋은 결과를 얻을 수 있습니다. 다음으로는 lysis 방법의 차이인데요, 저 같은 경우는 막자사발, homogenizer, pipetting 방법등으로 해보았는데요 막자사발을 이용한것이 가장 잘 lysis 됨을 확인할 수 있었죠. 그 이후는 manual과 kit을 이용한 extract과정인데요 여기서도 손에 익숙해지기만 하면 manual이 훨씬 양과 질 면에서 좋습니다. manual방법을 익히시는게 좋을 듯 합니다. >결과사진과 함께 첨부합니다. >이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. >2번 lane은 positive control 이고 >3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 >7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. >각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. >silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, >phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 >detection 할수있었습니다. > >두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 >왜 결과는 다른가요..? >혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 >그런걸까요..? >음... >조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ
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  • 답변

    DELETED님의 답변

    2009-08-21
    • 0
    >결과사진과 함께 첨부합니다. >이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. >2번 lane은 positive control 이고 >3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 >7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. >각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. >silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, >phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 >detection 할수있었습니다. > >두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 >왜 결과는 다른가요..? >혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 >그런걸까요..? >음... >조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ Re: RNA는 대부분 Trizol을 많이들 사용합니다. 그리고, nonspecific band가 나온것은 genomic DNA contamination일 수도 있습니다. RNA sample을 DNase I treatment 하시고 다시 RT 해 보시는 것도 괜찮을듯 합니다.
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    >결과사진과 함께 첨부합니다. >이것은 RT reaction 후에 PCR 돌려서 특이 gene을 detection하려고 한것입니다. >2번 lane은 positive control 이고 >3번부터 6번까지는 silica gel membrane을 사용하여 핵산을 뽑고 >7번부터 10번까지는 phenol extraction- EtOH precipitation으로 핵산을 얻었습니다. >각각 순서대로 같은 sample을 사용하였는데요.. >silica gel membrane을 사용하였을 경우에 non-specific band가 많이 떴고, >phenol extraction 방법으로 genome을 뽑았을 경우에는 한 band로 특이 gene을 >detection 할수있었습니다. > >두 방법 모두 같은 샘플에서 같은 동량으로 핵산 뽑는 법만 다르게 한것인데 >왜 결과는 다른가요..? >혹시 silica gel membrane column으로 내리면서 핵산이 degradation되어서 >그런걸까요..? >음... >조언 부탁드립니다.ㅜ_ㅜ Re: RNA는 대부분 Trizol을 많이들 사용합니다. 그리고, nonspecific band가 나온것은 genomic DNA contamination일 수도 있습니다. RNA sample을 DNase I treatment 하시고 다시 RT 해 보시는 것도 괜찮을듯 합니다.
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