2009-07-14
org.kosen.entty.User@11e041ef
강진훈(npok2)
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지방세포에서지방세포 분화에 관여하는 지방전사인자를 siRNA 처리해서 이에따른 유전자프로파일링을 할려고 하는데, 유전자 pathway 에관한 연구를 해본적이 없어서요
어떤 방식으로 접근을 하고, 일반적으로 유전자 pathway 연구는 어떻게 하는겁니까?
아시는 분이나 논문을 알고 있으신분 부탁드립니다.
- signal pathway
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 2
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답변
장성재님의 답변
2009-07-14- 0
질문이 약간 모호합니다. 전사인자에 대한 siRNA를 처리한 후에 유전자들의 프로파일을 보려고 하신다는 의미인지? 위 전자인자의 신호전달에 관여하는 유전자들의 변화를 비교검토하고자 하시는 것인지 확실하게 질문을 해주시기기 바랍니다. 유전자 pathway 연구란 최근에 많이 사용하는 메타데이터들을 서로 유기적으로 연결시키는 분야를 의미하시는 것인지? 그리고, 마이크로어레이를 이용하여 전체적인 유전자의 프로파일을 확인한 후에 타겟 유전자와 관련된 유전자를 real-time PCR 등을 이용하여 정량적인 변화를 측정하고,더 나아가서 기능적인 면에서의 변화를 검토하는 등의 순서가 일반적이라고 볼 수 있습니다. 또한, 원하시는 분야의 키워드를 선별 후에 pubmed 등의 논문 검색 도구를 이용하여 직접 목적하시는 자료 및 논문을 구하실 수 있을 것으로 보입니다. >지방세포에서지방세포 분화에 관여하는 지방전사인자를 siRNA 처리해서 이에따른 유전자프로파일링을 할려고 하는데, 유전자 pathway 에관한 연구를 해본적이 없어서요 >어떤 방식으로 접근을 하고, 일반적으로 유전자 pathway 연구는 어떻게 하는겁니까? >아시는 분이나 논문을 알고 있으신분 부탁드립니다. -
답변
DELETED님의 답변
2009-08-13- 0
>지방세포에서지방세포 분화에 관여하는 지방전사인자를 siRNA 처리해서 이에따른 유전자프로파일링을 할려고 하는데, 유전자 pathway 에관한 연구를 해본적이 없어서요 >어떤 방식으로 접근을 하고, 일반적으로 유전자 pathway 연구는 어떻게 하는겁니까? >아시는 분이나 논문을 알고 있으신분 부탁드립니다. Re. 위에서 말씀하신것 처럼 control 과 test 간의 RNA를 추출하고, cDNA microarray를 하고, real-time PCR등으로 validation하는 것이 보통의 방법입니다. 그전에, 미리 지방세포 분화에 관련된 pathway를 알아보셔서 그 쪽 관련 molecule등의 변화가 있는지 여부를 먼저 check합니다. 그후에 보통의 경우 전사인자를 knock down 시킨경우, target으로 생각되는 유전자의 promoter를 cloning하여, reporter analysis를 하게 됩니다. 그후, cloning 한 region이 promoter activity가 있다면, 최초 knock down 시킨 전사인자를 co-transfection하는방법으로 reporter activity의 변화가, micro array or real-time PCR등의 결과와 co-relation이 있는지 확인합니다. 그후, 보통 EMSA or Ch.IP 방법등을 이용하여, 실제로 그 transctiption factor가 target 유전자의 promoter에 binding 하는지 여부를 확인합니다. 이정도 하면 일단락 이겠고, 추가한다면 binding domain mapping 을 하는것도 option이 되겠죠.. 그 후에는 실제 functional stduy가 더 추가된다면,, 아주 좋은 논문이 될듯합니다.