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지식나눔

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Real time PCR 할때.... PCR tube에 관하여....

2009-07-20 org.kosen.entty.User@645fd45a 최연재(bpmedic)
  • 3
1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... 2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 행해야 하나요? 3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 지 못하고 있습니다.. 도와주세여..
  • real time pcr
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    권호근님의 답변

    2009-07-21
    • 0
    허걱;;; Real-Time PCR의 경우 여러 종류가 있겠지만 대부분의 경우 샘플과 함께 들어가는 Dye의 intensity의 확인을 통해 정량적으로 계사하게 됩니다. 따라서 대부분의 Real-Time PCR tube의 경우 cap은 투명하고 Tube는 white로 되어 있어 dye의 산란을 막아 정확한 정량이 가능케 합니다. 따라서 일반 PCR tube를 쓰신다면 오차가 심하게 나겠지요... 따라서 cap에 marking을 하신다면 당연히 형광 정도를 기기가 detection 할 수 없어 결과가 나올 수 없습니다. >1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 > >tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 > >뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 > >펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... > > >2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 > >행해야 하나요? > >3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 > >전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 > >지 못하고 있습니다.. 도와주세여.. >
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    허걱;;; Real-Time PCR의 경우 여러 종류가 있겠지만 대부분의 경우 샘플과 함께 들어가는 Dye의 intensity의 확인을 통해 정량적으로 계사하게 됩니다. 따라서 대부분의 Real-Time PCR tube의 경우 cap은 투명하고 Tube는 white로 되어 있어 dye의 산란을 막아 정확한 정량이 가능케 합니다. 따라서 일반 PCR tube를 쓰신다면 오차가 심하게 나겠지요... 따라서 cap에 marking을 하신다면 당연히 형광 정도를 기기가 detection 할 수 없어 결과가 나올 수 없습니다. >1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 > >tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 > >뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 > >펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... > > >2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 > >행해야 하나요? > >3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 > >전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 > >지 못하고 있습니다.. 도와주세여.. >
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  • 답변

    박수제님의 답변

    2009-07-23
    • 0
    >1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 > >tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 > >뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 > >펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... > > >2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 > >행해야 하나요? > >3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 > >전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 > >지 못하고 있습니다.. 도와주세여.. > 우선 real time PCR 기기가 어딧 것이죠? 경우에 따라서는 튜브자체가 불투명한 것을 사용해야 하기도 합니다. 그리고 역시 마찬가지로 real time PCR 기기의 detector 위치에 따라서 cap에 적어도 되고 안 적어도 되지만.. 가능한 안 적는 것이 좋고요. signal 값은 잘 나오는데. Melting curve가 좋지 않다면.. primer specific도 확인해보시고.. copy numbers 계산은 공식 무지 많아요~ 웹에~
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    >1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 > >tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 > >뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 > >펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... > > >2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 > >행해야 하나요? > >3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 > >전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 > >지 못하고 있습니다.. 도와주세여.. > 우선 real time PCR 기기가 어딧 것이죠? 경우에 따라서는 튜브자체가 불투명한 것을 사용해야 하기도 합니다. 그리고 역시 마찬가지로 real time PCR 기기의 detector 위치에 따라서 cap에 적어도 되고 안 적어도 되지만.. 가능한 안 적는 것이 좋고요. signal 값은 잘 나오는데. Melting curve가 좋지 않다면.. primer specific도 확인해보시고.. copy numbers 계산은 공식 무지 많아요~ 웹에~
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    DELETED님의 답변

    2009-08-13
    • 0
    >1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 > >tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 > >뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 > >펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... > > >2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 > >행해야 하나요? > >3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 > >전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 > >지 못하고 있습니다.. 도와주세여.. > Re 1. 보통은 labeling 하지 않는 것이 좋고, glove를 사용하여 지문을 남기지 않는 것도 좋습니다. melting curve analysis에서 error가 나온다는 것은 기기 문제일수 있을것 같습니다. 혹시 bio-rad기계라면 자주 그러더군요.. Re 2. Template농도가 너무 많은 경우 PCR 자체가 안되는 경우가 있습니다. template종류에 따라 적정 농도 있는데, molecular cloning 책을 참고하시면 될것같습니다. Re 3. 보통 절대정량을 할 경우, standard curve를 사용하게되고, 이때 copy number를 계산하는 경우가 있습니다. 보통 계산식은 mole X 6.02 X 10^23 (아보가드로상수) 입니다. 이때 mole 수를 구하기위해 molecular weight를 알아야하고, 이를 위해서는 DNA 전체서열의 길이를 알아야 겠죠...whole genome seq를 알고 있다는것이 무슨말인지 잘 모르겠습니다.
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    >1.Real time PCR 하는데... PCR tube를 axygene 0.2ml tube를 사용하는데... 투명한 > >tube입니다.. real time pcr 하는 과정중에 melting curve 분석을 하는데 에러가 자꾸 > >뜹니다.. pcr tube와 관련이 있는지 궁금하구요... samlple이 여러가지여서 뚜껑에 네임 > >펜으로 표시를 하는데 이것도 영향을 미치는지도 궁금합니다.... > > >2.DNA농도가 진하면 PCR이 안되는데... 정량분석을 할 경우에도 희석을 해서 실험을 진 > >행해야 하나요? > >3. 정량분석시 whole genome seq. 을 알고 있을경우 copy number를 구하는 공식에서 > >전체DNA크기를 대입해주어야 하나요? 그리고 확실히 DNA copy number에 대해 이해를 하 > >지 못하고 있습니다.. 도와주세여.. > Re 1. 보통은 labeling 하지 않는 것이 좋고, glove를 사용하여 지문을 남기지 않는 것도 좋습니다. melting curve analysis에서 error가 나온다는 것은 기기 문제일수 있을것 같습니다. 혹시 bio-rad기계라면 자주 그러더군요.. Re 2. Template농도가 너무 많은 경우 PCR 자체가 안되는 경우가 있습니다. template종류에 따라 적정 농도 있는데, molecular cloning 책을 참고하시면 될것같습니다. Re 3. 보통 절대정량을 할 경우, standard curve를 사용하게되고, 이때 copy number를 계산하는 경우가 있습니다. 보통 계산식은 mole X 6.02 X 10^23 (아보가드로상수) 입니다. 이때 mole 수를 구하기위해 molecular weight를 알아야하고, 이를 위해서는 DNA 전체서열의 길이를 알아야 겠죠...whole genome seq를 알고 있다는것이 무슨말인지 잘 모르겠습니다.
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