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지식나눔

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enzyme에 대해서

2009-07-21 org.kosen.entty.User@44c929d7 최순범(beom8649)
  • 2
시그마홈페이지에 pepsin의 description에 보면 아래와 같이 나와 있는데요. Preferentially cleaves C-terminal to Phe, Leu and Glu. It does not cleave at Val, Ala or Gly. Optimum pH is 2-4. Active in 4 M urea and 3 M guanidine HCl. Stable at 60 °C. Pepsin is irreversibly inactivated at pH>6. 궁금한 점은 4M urea와 3M guanidine HCl에서 active하다고 써있는데, 그것은 단지 pH를 2~4로 조절 하기 위한 목적이겠죠? 만약 단지 증류수에서 HCl이나 HNO3 또는 NaOH를 이용하여 pH를 2~4로 조절 할 수 있다면 굳이 3M guanidine과 4M urea는 필요 없을것 같은데요. 물론 실험을 해보면 알겠지만....경험이 있으신 분들의 조언을 바랍니다. 제가 사용하려고 하는 substrate이 일반적으로 enzyme reaction에 잘 사용 되지 않는 것이라서 그렇습니다^^
  • pepsin
  • enzyme
  • activity
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답변 2
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    서기원님의 답변

    2009-07-21
    • 0
    저도 이런 실험을 해보진 않아서 모르겠지만... 일반적으로 그렇게 써 있으면 그렇게 하셔야 합니다.. urea나 guanidine은 pH 조절에 사용되는 시약이 아닙니다.. 단백질을 변성시키는 물질이요.. 따라서 이물질이 필요한 이유는 단백질이 구조상 다른 상태로의 변성을 필요로 하고 그래야만 활성을 가지는 것으로 생각됨니다... 귀하의 실험 내용상 꼭 urea나 guanidine이 없는 상태에서 실험을 수행하여야 한다면.. 직접 테스트를 해보시던지. 아니면 시그마 코리아에 연락해 시그마 본사 직원과 상담을 해보시는게 좋을듯 싶습니다..
    답변수정
    저도 이런 실험을 해보진 않아서 모르겠지만... 일반적으로 그렇게 써 있으면 그렇게 하셔야 합니다.. urea나 guanidine은 pH 조절에 사용되는 시약이 아닙니다.. 단백질을 변성시키는 물질이요.. 따라서 이물질이 필요한 이유는 단백질이 구조상 다른 상태로의 변성을 필요로 하고 그래야만 활성을 가지는 것으로 생각됨니다... 귀하의 실험 내용상 꼭 urea나 guanidine이 없는 상태에서 실험을 수행하여야 한다면.. 직접 테스트를 해보시던지. 아니면 시그마 코리아에 연락해 시그마 본사 직원과 상담을 해보시는게 좋을듯 싶습니다..
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  • 답변

    장성재님의 답변

    2009-07-21
    • 0
    가장 간단한 방법은 직접 테스트해보시는 것 입니다만, 일반적인 단백질 변성제로 사용하는 Urea나 Guanidine HCl을 일부러 고농도로 사용하실 필요는 없을 것 같군요. 실험결과적으로 3M을 초과한 Guanidine HCl 용액에서 pepsin의 안정성 (활성)이 크게 떨어진다고 보고된바 있습니다 (JBC, 235(2): 379-382). 아마도 Sigma-Aldrich 홈페이지에 나온 내용은 3M guanidine과 4M urea에서도 활성이 있다는 의미일 것으로 보입니다. Pepsin (from Porcin)은 용해도 및 안정성을 고려하셔서 ice-colded 10 mM HCl (0.4% 용해됨)에 녹이신 후에 -20 또는 -80에서 동결 보존하시는 것을 추천합니다. 시그마 홈페이지의 "Enzyme Explorer"를 참조하시면, 아래와 같은 내용을 접하실 수 있습니다. "For general digestion of proteins, suggested conditions are a 0.4% solution of pepsin in 10 mM HCl, and digestion for 30-90 minutes at 37 °C. Pepsin has optimal activity with native proteins at approximately pH 1.0, but with some denatured proteins the optimal activity is at approximately pH 1.5-3.5. >시그마홈페이지에 pepsin의 description에 보면 아래와 같이 나와 있는데요. > >Preferentially cleaves C-terminal to Phe, Leu and Glu. It does not cleave at Val, Ala or Gly. Optimum pH is 2-4. Active in 4 M urea and 3 M guanidine HCl. Stable at 60 °C. Pepsin is irreversibly inactivated at pH>6. > >궁금한 점은 4M urea와 3M guanidine HCl에서 active하다고 써있는데, 그것은 단지 pH를 2~4로 조절 하기 위한 목적이겠죠? 만약 단지 증류수에서 HCl이나 HNO3 또는 NaOH를 이용하여 pH를 2~4로 조절 할 수 있다면 굳이 3M guanidine과 4M urea는 필요 없을것 같은데요. 물론 실험을 해보면 알겠지만....경험이 있으신 분들의 조언을 바랍니다. >제가 사용하려고 하는 substrate이 일반적으로 enzyme reaction에 잘 사용 되지 않는 것이라서 그렇습니다^^ > >
    답변수정
    가장 간단한 방법은 직접 테스트해보시는 것 입니다만, 일반적인 단백질 변성제로 사용하는 Urea나 Guanidine HCl을 일부러 고농도로 사용하실 필요는 없을 것 같군요. 실험결과적으로 3M을 초과한 Guanidine HCl 용액에서 pepsin의 안정성 (활성)이 크게 떨어진다고 보고된바 있습니다 (JBC, 235(2): 379-382). 아마도 Sigma-Aldrich 홈페이지에 나온 내용은 3M guanidine과 4M urea에서도 활성이 있다는 의미일 것으로 보입니다. Pepsin (from Porcin)은 용해도 및 안정성을 고려하셔서 ice-colded 10 mM HCl (0.4% 용해됨)에 녹이신 후에 -20 또는 -80에서 동결 보존하시는 것을 추천합니다. 시그마 홈페이지의 "Enzyme Explorer"를 참조하시면, 아래와 같은 내용을 접하실 수 있습니다. "For general digestion of proteins, suggested conditions are a 0.4% solution of pepsin in 10 mM HCl, and digestion for 30-90 minutes at 37 °C. Pepsin has optimal activity with native proteins at approximately pH 1.0, but with some denatured proteins the optimal activity is at approximately pH 1.5-3.5. >시그마홈페이지에 pepsin의 description에 보면 아래와 같이 나와 있는데요. > >Preferentially cleaves C-terminal to Phe, Leu and Glu. It does not cleave at Val, Ala or Gly. Optimum pH is 2-4. Active in 4 M urea and 3 M guanidine HCl. Stable at 60 °C. Pepsin is irreversibly inactivated at pH>6. > >궁금한 점은 4M urea와 3M guanidine HCl에서 active하다고 써있는데, 그것은 단지 pH를 2~4로 조절 하기 위한 목적이겠죠? 만약 단지 증류수에서 HCl이나 HNO3 또는 NaOH를 이용하여 pH를 2~4로 조절 할 수 있다면 굳이 3M guanidine과 4M urea는 필요 없을것 같은데요. 물론 실험을 해보면 알겠지만....경험이 있으신 분들의 조언을 바랍니다. >제가 사용하려고 하는 substrate이 일반적으로 enzyme reaction에 잘 사용 되지 않는 것이라서 그렇습니다^^ > >
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