2009-09-09
org.kosen.entty.User@bbf34fc
김종현(bluej99)
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제가 요즘 protein-protein interaction (PPI)에 관해 공부하고 있는데요.
PPI에 대한 database 같은 것을 찾기가 힘드내요
그래서 PPI database 나
두개의 protein 이 있을 때, 이 둘이 binding 또는 interaction 하는지 알아볼수 있는
소프트웨어적인(사이트도여^^;)간단한 방법 좀 알려주세요~~ㅠㅠ
- PPI
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답변 3
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김은민님의 답변
2009-09-09- 0
protein 끼리의 interaction을 확인하는 방법으로는 Pull down assay나 Immunoprecipitation 방법이 있습니다. Cell에 원하는 단백질을 과발현시킨 후,과발현시킨 단백질의 항체를 이용하여 Immunoprecipitation하여 단백질끼리의 interaction을 확인하는 방법이랍니다. >제가 요즘 protein-protein interaction (PPI)에 관해 공부하고 있는데요. > >PPI에 대한 database 같은 것을 찾기가 힘드내요 > >그래서 PPI database 나 > >두개의 protein 이 있을 때, 이 둘이 binding 또는 interaction 하는지 알아볼수 있는 > >간단한 방법 좀 알려주세요~~ㅠㅠ -
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박동현님의 답변
2009-09-10- 0
관심이 있는 단백질의 목록이 있으시다면 http://string.embl.de/ 혹은 www.genecards.org 에서 유전자 이름으로 검색하시면 여러정보중에 interacting proteins 나 pathway 를 보실 수 있습니다. 여기엔 MINT, IntAct 등의 다른 사이트의 링크도 있습니다. 도움이 되시길 바랍니다. >제가 요즘 protein-protein interaction (PPI)에 관해 공부하고 있는데요. > >PPI에 대한 database 같은 것을 찾기가 힘드내요 > >그래서 PPI database 나 > >두개의 protein 이 있을 때, 이 둘이 binding 또는 interaction 하는지 알아볼수 있는 > >소프트웨어적인(사이트도여^^;)간단한 방법 좀 알려주세요~~ㅠㅠ -
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안용열님의 답변
2009-09-11- 0
Dana-Farber Institute의 CCSB 홈페이지에 가시면 다양한 organism의 PPI network을 다운 받으실 수 있습니다. http://interactome.dfci.harvard.edu/index.php?page=home CCSB는 Y2H를 통해 여러 organism의 PPI 네트워크를 구축하고 있는데, Y2H 뿐 아니라 AP/MS, Literature curated data도 홈페이지에서 받으실 수 있습니다. http://interactome.dfci.harvard.edu/S_cerevisiae/index.php 각각의 method에 대해서는 위 페이지에 링크된 논문이 도움이 되실 듯. >제가 요즘 protein-protein interaction (PPI)에 관해 공부하고 있는데요. > >PPI에 대한 database 같은 것을 찾기가 힘드내요 > >그래서 PPI database 나 > >두개의 protein 이 있을 때, 이 둘이 binding 또는 interaction 하는지 알아볼수 있는 > >소프트웨어적인(사이트도여^^;)간단한 방법 좀 알려주세요~~ㅠㅠ
네 감사합니다. 그런데 제가 원하는건 소프트웨어적인 거라서요....^^;;
혹시 그런쪽으로는 알아볼 방법이 없을까요?