2009-09-15
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임민수(lmsxing)
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이 쪽 방면의 초보연구생으로 김치에서 미친듯이 균을 동정하는 작업을 하고 있습니다.
그런데 거진 2달동안 이놈들때매 속만 썩네요 .
50ch 킷에 50CHL미디엄으로 김치내 젖산균 동정하는데 결과가 이렇게 나옵니다.
계속 싱글콜로니만 따는데도 섞여서 나오구요.
노란색이 양성인데 녹색으로 나오는게 계속 똑같습니다.
도저히 안되어 지금은 스탑해놓은 상태인데요 .
이렇게 녹색도 양성으로 봐야하나요??
그리고 어떻게 하면 싱글 균주를 얻을 수가 있을까요??
고수님들의 조언 부탁드립니다. -사진첨부-
- APi
- 동정
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 4
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답변
장성재님의 답변
2009-09-15- 2
우선, 단일 콜로니를 선택하셨다면 순수 분리 배양에는 문제가 없다고 생각됩니다. 섞여서 나온다는 말씀을 이해할 수가 없네요. 첨부해주신 사진 상의 결과가 초록색과 노란색 등이 섞여서 나온다는 말씀인지요? Api50 CHL kit을 이용한 동정 결과는 blue (lack of fermentation), bottle-green, green, yellow?green, aqua and yellow (complete fermentation) 으로 semi-quantitative assay가 가능합니다. 따라서, 님께서 얻으신 결과에 아무런 문제가 없다고 보여지는군요. 실험 결과를 그대로 해석하시면 될 듯 싶습니다. >이 쪽 방면의 초보연구생으로 김치에서 미친듯이 균을 동정하는 작업을 하고 있습니다. > >그런데 거진 2달동안 이놈들때매 속만 썩네요 . > >50ch 킷에 50CHL미디엄으로 김치내 젖산균 동정하는데 결과가 이렇게 나옵니다. > >계속 싱글콜로니만 따는데도 섞여서 나오구요. > >노란색이 양성인데 녹색으로 나오는게 계속 똑같습니다. > >도저히 안되어 지금은 스탑해놓은 상태인데요 . > >이렇게 녹색도 양성으로 봐야하나요?? > >그리고 어떻게 하면 싱글 균주를 얻을 수가 있을까요?? > >고수님들의 조언 부탁드립니다. -사진첨부- > -
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오용식님의 답변
2009-09-17- 2
녹색으로 나오는게 똑같다는 것이... 몇번을 다시해봐도 녹색으로 나온다는 말인가요? 그럼 노란색으로 나오는것과 파란색으로 나오는것도 계속 똑같이 나오는지요? 만약 결과가 계속 똑같이 나온다면,, 재현성이 좋다고 봐야죠..^^;; 제가 보기에는 실험에 이상이 있다고 생각되지는 않습니다. API kit은 결과 나오는 그대로 해석을 하시면 됩니다. 녹색으로 나왔다는 것은.. 산을 형성하긴 했는데, 노란색으로 나오는 것보다 산의 형성이 느리다? 혹은 적다? 정도로 해석하시면 될 듯합니다. 보통 positive 와 negative 만 생각하시는데, 이런 경우에는 weakly positive라고 보시면 될 듯합니다. 즉 positive라는 거죠..^^;; 도움 되셨으면합니다.^^ >이 쪽 방면의 초보연구생으로 김치에서 미친듯이 균을 동정하는 작업을 하고 있습니다. > >그런데 거진 2달동안 이놈들때매 속만 썩네요 . > >50ch 킷에 50CHL미디엄으로 김치내 젖산균 동정하는데 결과가 이렇게 나옵니다. > >계속 싱글콜로니만 따는데도 섞여서 나오구요. > >노란색이 양성인데 녹색으로 나오는게 계속 똑같습니다. > >도저히 안되어 지금은 스탑해놓은 상태인데요 . > >이렇게 녹색도 양성으로 봐야하나요?? > >그리고 어떻게 하면 싱글 균주를 얻을 수가 있을까요?? > >고수님들의 조언 부탁드립니다. -사진첨부- > -
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임민수님의 답변
2009-09-18- 0
>이 쪽 방면의 초보연구생으로 김치에서 미친듯이 균을 동정하는 작업을 하고 있습니다. > >그런데 거진 2달동안 이놈들때매 속만 썩네요 . > >50ch 킷에 50CHL미디엄으로 김치내 젖산균 동정하는데 결과가 이렇게 나옵니다. > >계속 싱글콜로니만 따는데도 섞여서 나오구요. > >노란색이 양성인데 녹색으로 나오는게 계속 똑같습니다. > >도저히 안되어 지금은 스탑해놓은 상태인데요 . > >이렇게 녹색도 양성으로 봐야하나요?? > >그리고 어떻게 하면 싱글 균주를 얻을 수가 있을까요?? > >고수님들의 조언 부탁드립니다. -사진첨부- > -- 일단 답변주신 분들 너무 감사드려요. 음. 녹색과 노란색 파란색 매번 같게 나옵니다. 그리고 섞여 나온다는 것은 결과표에 균종이 하나가 아니고 여러개가 나온다는 뜻이에요. A 81% b 16%.. 이런 식으로요. 한종류만 얻고 싶은데 어떻게 해야하나 궁금해서 질문드린 것인데 너무 헷갈리게 질문드림.. 죄송해요. 첨부사진 하나 더 올릴께요. 각각 분리하려면 어떻게 해야하나요?
양은희(yeh1999) 2009-09-18API 50CH kit으로 균종을 동정하기에는 무리가 있다고 생각합니다.
API 50CH 데이터베이스 자체에 누락된 균종이 많고요,
그 결과로 나오는 것과 16s rDNA sequencing으로 나오는 균종이 다른 것도 많거든요.
A 81%, B 16%로 나온다면 데이터베이스에 없는 종일 수도 있다는 생각이 듭니다. -
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오용식님의 답변
2009-09-23- 0
API kit으로 동정을 하신다라... 웹상에서 +,-를 입력해서 몇% 수치가 나오더라.. 이걸 보신다는 것 맞나요? 제 생각엔, API kit으로는 정확한 동정이 불가능합니다.. 원래 API kit이 동정을 목적으로 한것이 맞지만, 그러기엔 정보가 너무 부족한게 사실이에요;; 웹상에서 수치가 80% 이상 나왔다 하더라도 막상 제대로 동정을 해보면 완전 다른 균으로 동정될 수도 있습니다... 그리고 한 종류만 나오는 경우는 매우 드뭅니다... 음...그 수치들은.. ' 내가 실험에 사용한 미생물이 어떤 것을 이용해서 살아가는데, 기존에 알려진 어느 미생물이 먹고 사는 것들과 어느정도 일치하더라..' 하는 것을 보여주는 수치라고 생각하시면 될 듯 합니다.. 만약 A 80%가 나왔다면, 내가 분리한 미생물을 API Kit을 써서 10개의 탄소원을 test 했는데 그 결과가 A와 80% 일치하더라.. 즉 8개의 탄소원에 대한 실험이 일치하더라.. 정도로 생각하시면 됩니다. 때문에 한 종만 나오는 경우는 매우 드뭅니다.. 그리고 전에 말씀 드렸듯이 항상 positive와 negative만 있는 것이 아니라 weakly positive 및 variable이 존재하기 때문에 기존에 알려진 균들과의 비교 자체가 매우 애매합니다. 제가 추천하는 방법은... 그 미생물이 어떤 미생물인지 대충이라도, 그러면서도 비교적 정확하게 동정을 하시려면 16S rRNA를 sequencing 하시는 것이 제일 좋구요, sequencing 결과를 바탕으로 어떤 미생물 혹은 어떤 미생물과 근연 종인지 알아내신 후에, 그 미생물들이 API kit에서 어떠어떠한 것은 양성으로 나오고 어떠한 것은 음성으로 나온다...라고 하심이 더 나을듯 하네요 ^^;;