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지식나눔

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RT-PCR..

2009-11-09 org.kosen.entty.User@652ed0ad 곽서영(rhkrtj)
  • 3
RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. 먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, 아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. 이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. 이것의 차이는 무엇인가요..?;;
  • RT-PCR
  • cDNA
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답변 3
  • 답변

    이충재님의 답변

    2009-11-09
    • 0
    RT-PCR을 두가지 형태로 볼 수 있습니다. 하나는 cDNA를 합성한후, PCR하는 two-step법, 다른하나는 RNA template에 RT mixture, primer 등을 모두 넣고 하는 One-step법이 있습니다. 두 방법의 차이는 전자는 RT시 random or oligo dT를 주로 이용하여 RT후 Gene specific Primer(GSP)로 PCR하는 차이와 후자는 RT부터 GSP로 한다는 차이가 있습니다. Primer 정보도 같이 올려주시면 판단하는데 도움이 될텐데요... >RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. > >먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, >아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. >이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 >cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, >RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. > >이것의 차이는 무엇인가요..?;;
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    RT-PCR을 두가지 형태로 볼 수 있습니다. 하나는 cDNA를 합성한후, PCR하는 two-step법, 다른하나는 RNA template에 RT mixture, primer 등을 모두 넣고 하는 One-step법이 있습니다. 두 방법의 차이는 전자는 RT시 random or oligo dT를 주로 이용하여 RT후 Gene specific Primer(GSP)로 PCR하는 차이와 후자는 RT부터 GSP로 한다는 차이가 있습니다. Primer 정보도 같이 올려주시면 판단하는데 도움이 될텐데요... >RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. > >먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, >아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. >이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 >cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, >RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. > >이것의 차이는 무엇인가요..?;;
    곽서영(rhkrtj) 2009-11-09

    둘다 specific primer를 씁니다...... 허허

  • 답변

    DELETED님의 답변

    2010-01-05
    • 0
    >RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. > >먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, >아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. >이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 >cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, >RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. > >이것의 차이는 무엇인가요..?;; RE: one-step method의 경우, 시간이 덜 걸린다는 장점이 있으나, RT-반응의 error를 check하기가 힘들기 때문에 혹시 유전자의 발현량 차이를 보기위해 real-time PCR같은 실험을 차후 진행하실꺼라면, two-step으로 진행하는 것이 오차를 줄일 수 있는 방법이라 생각됩니다.
    답변수정
    >RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. > >먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, >아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. >이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 >cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, >RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. > >이것의 차이는 무엇인가요..?;; RE: one-step method의 경우, 시간이 덜 걸린다는 장점이 있으나, RT-반응의 error를 check하기가 힘들기 때문에 혹시 유전자의 발현량 차이를 보기위해 real-time PCR같은 실험을 차후 진행하실꺼라면, two-step으로 진행하는 것이 오차를 줄일 수 있는 방법이라 생각됩니다.
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  • 답변

    신동욱님의 답변

    2010-01-07
    • 0
    >RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. > >먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, >아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. >이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 >cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, >RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. > >이것의 차이는 무엇인가요..?;; 일반적으로는 random primer와 oligo dT primer를 이용하여, RNA로부터 cDNA를 합성하게되면 거의 모든 유전자들을 합성하게 됩니다. 그런 후에 원하는 primer pair를 넣어서 PCR을 한다면, 제대로 된 유전자를 얻게 됩니다. 그러나, RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우, RNA에서 Primer (원하는 프라이머)를 넣어주게 되면, 이론상으로는 전혀 문제가 없지만, RNA의 2차 구조라든가, RNA상의 nonspecific binding 등 primer가 접근해서 amplification하는 데 어려움이 있기에, 효율성에서 많이 떨어지며, PCR로 증폭을 하더라도 대부분은 미량이므로, 위의 two step으로 안전하게 얻는 방법을 추천합니다
    답변수정
    >RT-PCR의 경우 두가지 방법이 있습니다.. > >먼저 cDNA를 합성한 후, 그 cDNA를 주형으로 하여 PCR을 따로 하는 경우, >아니라면 RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우.. >이 두가지경우로 PCR을 수행하였는데요 >cDMA를 합성후 PCR을 하면 product가 나오는데, >RT-PCR로 바로 넘어가는 경우에는 producr가 나오지 않습니다.. > >이것의 차이는 무엇인가요..?;; 일반적으로는 random primer와 oligo dT primer를 이용하여, RNA로부터 cDNA를 합성하게되면 거의 모든 유전자들을 합성하게 됩니다. 그런 후에 원하는 primer pair를 넣어서 PCR을 한다면, 제대로 된 유전자를 얻게 됩니다. 그러나, RT-PCR kit를 사용해서 RNA, Primer 1쌍을 넣고 RT-PCR을 one step으로 넘어가는 경우, RNA에서 Primer (원하는 프라이머)를 넣어주게 되면, 이론상으로는 전혀 문제가 없지만, RNA의 2차 구조라든가, RNA상의 nonspecific binding 등 primer가 접근해서 amplification하는 데 어려움이 있기에, 효율성에서 많이 떨어지며, PCR로 증폭을 하더라도 대부분은 미량이므로, 위의 two step으로 안전하게 얻는 방법을 추천합니다
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