2010-01-11
org.kosen.entty.User@71166e5f
유현정(totoros)
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특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다.
- amino acid
- protein
- domain
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각 분야 한인연구자와 현업 전문가분들의 답변을 기다립니다.
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답변 7
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답변
이상후님의 답변
2010-01-11- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. 특정 단백질의 아미노산 서열이나 gene sequence를 알고 있다면 현재 웹상에서 확인할 수 있는 free program이 있습니다. 우선 아래 사이트에 접속해서 cn3d나 rasmol 같은 program을 install하셔야 합니다. (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3D/cn3d.shtml) 프로그램이 설치된 후에는 pdb(www.pdb.org)에서 protein sequence를 카피해서 가져오거나, gene sequence를 알고 계실 경우에는 protein sequence로 conversion해서 마찬가지로 원하는 domain을 3차원 구조를 볼 수 있습니다. 또는 ncbi 사이트에서 직접 원하는 단백질의 functional domain을 3D 구조로 확인할 수 있습니다. 물론 사전에 3D 구조를 볼 수 있는 cn3d나 rasmol같은 프로그램을 설치하셔야 되구요.. 더 필요하신 내용이 있으면 질문해 주시면 답변해 드리겠습니다. -
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DELETED님의 답변
2010-01-11- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. Re: Expasy라는 proteomic site에 접속하시면, prosite등 다양한 programe이 있습니다. -
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이호진님의 답변
2010-01-12- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. 질문 내용이 명확하지 않아서.. 여러 가능성에 대해 논의드리겠습니다. 아미노산 서열을 알고 있다고 해서 모두 기능을 알 수 있는 건 아닙니다. (1) 아미노산 서열을 알고, 단백질의 기능이 알려진 경우는 문헌 조사를 통해 알 수 있습니다. (2) 단백질의 기능을 모르는 경우는 매우 복잡합니다. 아미노산 서열의 길이가 얼마나 긴지는 모르지만 단백질의 기능은 도메인을 통한 것과 그렇지 않고 구조가 일정치 않은 부분이지만 단백질의 기능을 결정하는 경우도 있습니다. 2-1. 단백질 도메인을 찾는 것이라면 먼저 어떤 부위가 어떤 도메인인지 알아내야 합니다. 2-2. 만일 도메인의 구조가 알려진 경우라면, 기능이 알려져 있을 가능성이 있습니다. 도메인의 특성은 논문을 참고하시면 잘 정리되어 있습니다. 2-3. Intrisic Disorderd Protein의 경우라면, 조금 더 복잡해집니다. 2-4. 만일 연구하시는 단백질의 결합 파트너가 있다면 그 파트너의 특성을 이용해 유추할 수 있는 방법이 있지만.. 이도 여러운 일입니다. 2-5. 인터넷에서 제공하는 프로그램이 어떤 아이디어는 제공할 수 있지만, 신뢰할만 한지는 여러 프로그램을 조사해 비교한 후, 결정해야 합니다. -
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김범수님의 답변
2010-01-18- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. 문헌 하나 첨부합니다. 참고하시길... -
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이동원님의 답변
2010-01-20- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. http://harvester.fzk.de/harvester/ 웹상에 흩어져 있는 정보들을 하나의 페이지에 보여줍니다, domain 뿐만아니라 interactome에 대한 정보들도 확인할수 있구요, 단점은 아직 human rat mouse zebrafish arabidopsis에 한해서만 정보들을 검색할수 있습니다. -
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신동욱님의 답변
2010-01-31- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. Expasy(Expert Protein Analysis System)를 이용하시면 간단하게 해결 됩니다. http://www.expasy.ch/를 찾아가서 해보시면 됩니다 -
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안길홍님의 답변
2010-02-03- 0
>특정 단백질의 아미노산 서열 및 gene sequence를 알고 있을 경우에, 그 서열 내에서 기능이 있는 부위를 찾아내는 프로그램이나 방법을 알고 싶습니다. 첨부자료